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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uai | |||||||||
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タイトル | Meprin alpha helix in complex with fetuin-B | |||||||||
要素 |
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キーワード | ONCOPROTEIN / Metalloprotease / complex / helical / extracellular | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meprin A / meprin A complex / epidermal growth factor receptor ligand maturation / metalloendopeptidase inhibitor activity / metallodipeptidase activity / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / signaling receptor ligand precursor processing ...meprin A / meprin A complex / epidermal growth factor receptor ligand maturation / metalloendopeptidase inhibitor activity / metallodipeptidase activity / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / signaling receptor ligand precursor processing / single fertilization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Bayly-Jones, C. / Lupton, C.J. / Fritz, C. / Schlenzig, D. / Whisstock, J.C. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Helical ultrastructure of the metalloprotease meprin α in complex with a small molecule inhibitor. 著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig ...著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig / James C Whisstock / 要旨: The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal ...The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal tissue homeostasis meprin α performs key roles in inflammation, immunity, and extracellular matrix remodelling. Dysregulated meprin α is associated with acute kidney injury, sepsis, urinary tract infection, metastatic colorectal carcinoma, and inflammatory bowel disease. Accordingly, meprin α is the target of drug discovery programs. In contrast to meprin β, meprin α is secreted into the extracellular space, whereupon it oligomerises to form giant assemblies and is the largest extracellular protease identified to date (~6 MDa). Here, using cryo-electron microscopy, we determine the high-resolution structure of the zymogen and mature form of meprin α, as well as the structure of the active form in complex with a prototype small molecule inhibitor and human fetuin-B. Our data reveal that meprin α forms a giant, flexible, left-handed helical assembly of roughly 22 nm in diameter. We find that oligomerisation improves proteolytic and thermal stability but does not impact substrate specificity or enzymatic activity. Furthermore, structural comparison with meprin β reveal unique features of the active site of meprin α, and helical assembly more broadly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uai.cif.gz | 492.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uai.ent.gz | 404.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uai_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uai_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uai_validation.xml.gz | 76.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uai_validation.cif.gz | 120.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uai | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26426MC 7uabC 7uacC 7uaeC 7uafC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 EBCDAH
#1: タンパク質 | 分子量: 67285.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEP1A / プラスミド: pMT/BiP/V5 / 細胞株 (発現宿主): Schneider-2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q16819, meprin A #2: タンパク質 | 分子量: 42926.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FETUB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UGM5 |
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-糖 , 4種, 19分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 12分子
#6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric portion of meprin alpha helix in complex with fetuin-B [subparticle localised reconstruction] タイプ: COMPLEX 詳細: Subparticle localised reconstruction of tetrameric region of recombinant, secreted helical meprin alpha in complex with fetuin-B Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 85 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila (ハエ) / 細胞: Schneider-2 / プラスミド: pMT/BiP/V5 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Pelco EasyGlow / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3 s blot, -3 force |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 44.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4068 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Compressed to LZW TIFF. Motion corrected by MotionCor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 519760 詳細: Localised subparticles extrated after expansion of pseudo-helical symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115951 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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