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- PDB-7tqt: Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tqt
タイトルCoxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-5
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
  • pAbC-5 heavy chain
  • pAbC-5 light chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / polyclonal antibodies (ポリクローナル抗体) / immune complex / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Ward, A.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022
タイトル: High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Autumn J Schulze / Vijay S Reddy / Andrew B Ward /
要旨: Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 ...Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 serotypes have been described to date, vaccine only exists for EV-A71. Efforts toward rationally designed pan-NPEV vaccines would greatly benefit from structural biology methods for rapid and comprehensive evaluation of vaccine candidates and elicited antibody responses. Toward this goal, we introduced a cryo-electron-microscopy-based approach for structural analysis of virus- or vaccine-elicited polyclonal antibodies (pAbs) in complex with whole NPEV virions. We demonstrated the feasibility using coxsackievirus A21 and reconstructed five structurally distinct pAbs bound to the virus. The pAbs targeted two immunodominant epitopes, one overlapping with the receptor binding site. These results demonstrate that our method can be applied to map broad-spectrum polyclonal immune responses against intact virions and define potentially cross-reactive epitopes.
履歴
登録2022年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: pAbC-5 light chain
H: pAbC-5 heavy chain
a: VP1
b: VP2
c: VP3
d: VP4
e: VP1
f: VP2
g: VP3
h: VP4
i: VP1
j: VP2
k: VP3
l: VP4
m: VP1
n: VP2
o: VP3
p: VP4
q: VP1
r: VP2
s: VP3
t: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,66727
ポリマ－503,52622
非ポリマー1,1425
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 22分子 LHaeimqbfjnrcgkosdhlpt

#1: タンパク質 pAbC-5 light chain


分子量: 8358.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light Chain of the polyclonal antibody pAbC-5 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質 pAbC-5 heavy chain


分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Heavy Chain of the polyclonal antibody pAbC-5 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質
VP1


分子量: 33234.238 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP1 protein of the coxsackievirus A21 capsid
由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#4: タンパク質
VP2


分子量: 29918.537 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP2 protein of the coxsackievirus A21 capsid
由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#5: タンパク質
VP3


分子量: 26596.703 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP3 protein of the coxsackievirus A21 capsid
由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#6: タンパク質
VP4


分子量: 7442.118 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP4 protein of the coxsackievirus A21 capsid
由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ

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非ポリマー , 1種, 5分子

#7: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
タイプ: COMPLEX
詳細: The complexes were assembled by combining purified CV-A21 particles and polyclonal antibodies isolated from mice (as Fab fragments)
Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)12069
31Mus musculus (ハツカネズミ)10090
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS, 0.2um filtered
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The complex was generated by incubation of mouse polyclonal antibodies with recombinantly expressed CV-A21 virions and subsequent SEC purification.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 10 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: 3-7s blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3862
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 45

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RosettaEMモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 22937
詳細: Cryosparc template picker. Following the 2D classification and symmetry expansion the number of particles was 1334700. Symmetry-expanded particles were used for 3D classification and refinement.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12654 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: 12654 symmetry-expanded particles / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1Z7S

1z7s

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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