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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tk3 | ||||||||||||
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タイトル | Yeast ATP synthase State 1binding(b) with 10 mM ATP backbone model | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / F1-ATPase / ATP Synthase / Nanomotor / Complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) ...cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / mitochondrial intermembrane space / ADP binding / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Guo, H. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of ATP synthase under strain during catalysis. 著者: Hui Guo / John L Rubinstein / 要旨: ATP synthases are macromolecular machines consisting of an ATP-hydrolysis-driven F motor and a proton-translocation-driven F motor. The F and F motors oppose each other's action on a shared rotor ...ATP synthases are macromolecular machines consisting of an ATP-hydrolysis-driven F motor and a proton-translocation-driven F motor. The F and F motors oppose each other's action on a shared rotor subcomplex and are held stationary relative to each other by a peripheral stalk. Structures of resting mitochondrial ATP synthases revealed a left-handed curvature of the peripheral stalk even though rotation of the rotor, driven by either ATP hydrolysis in F or proton translocation through F, would apply a right-handed bending force to the stalk. We used cryoEM to image yeast mitochondrial ATP synthase under strain during ATP-hydrolysis-driven rotary catalysis, revealing a large deformation of the peripheral stalk. The structures show how the peripheral stalk opposes the bending force and suggests that during ATP synthesis proton translocation causes accumulation of strain in the stalk, which relaxes by driving the relative rotation of the rotor through six sub-steps within F, leading to catalysis. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structure of ATP synthase under strain during catalysis 著者: Guo, H. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tk3.cif.gz | 599.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tk3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7tk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tk3_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tk3_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tk3_validation.xml.gz | 101.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tk3_validation.cif.gz | 179.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/7tk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/7tk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25955MC 7tjsC 7tjtC 7tjuC 7tjvC 7tjwC 7tjxC 7tjyC 7tjzC 7tk0C 7tk1C 7tk2C 7tk4C 7tk5C 7tk6C 7tk7C 7tk8C 7tk9C 7tkaC 7tkbC 7tkcC 7tkdC 7tkeC 7tkfC 7tkgC 7tkhC 7tkiC 7tkjC 7tkkC 7tklC 7tkmC 7tknC 7tkoC 7tkpC 7tkqC 7tkrC 7tksC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase subunit ... , 13種, 26分子 0123456789ABCDEFGHIOTUVWXY
#1: タンパク質 | 分子量: 7762.375 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P61829 #2: タンパク質 | 分子量: 55007.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P07251 #3: タンパク質 | 分子量: 51181.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00830, H+-transporting two-sector ATPase #4: タンパク質 | | 分子量: 30657.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P38077 #5: タンパク質 | | 分子量: 14565.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: Q12165 #6: タンパク質 | | 分子量: 6618.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21306 #7: タンパク質 | | 分子量: 20901.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P09457 #8: タンパク質 | | 分子量: 27900.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P00854 #9: タンパク質 | | 分子量: 23194.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P05626 #10: タンパク質 | | 分子量: 19709.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P30902 #11: タンパク質 | | 分子量: 10584.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: Q06405 #12: タンパク質 | | 分子量: 10417.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: Q12349 #13: タンパク質 | | 分子量: 6696.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P81450 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Z
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5825.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P00856 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast ATP synthase State 1binding(b) with 10 mM ATP backbone model タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.61 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 103896 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11.9 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 10037 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2534488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8184 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2HLD Accession code: 2HLD / Source name: PDB / タイプ: experimental model |