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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7thx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of W6 possum enterovirus | ||||||
要素 | (Capsid protein ...) x 4 | ||||||
キーワード | VIRUS / enterovirus / icosahedral | ||||||
機能・相同性 | : / SPHINGOSINE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, I. / Jayawardena, N. / Strauss, M. / Bostina, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM Structure of a Possum Enterovirus. 著者: Ivy Wang / Sandeep K Gupta / Guillaume Ems / Nadishka Jayawardena / Mike Strauss / Mihnea Bostina / 要旨: Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess ...Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess the structural diversity of these picornaviruses. The capsid structure, determined to ~3 Å resolution by single particle analysis, exhibits a largely smooth surface, similar to EV-F3 (formerly BEV-2). Although the cellular receptor is not known, the absence of charged residues on the outer surface of the canyon suggest a different receptor type than for EV-F3. Density for the pocket factor is clear, with the entrance to the pocket being smaller than for other enteroviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7thx.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7thx.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7thx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7thx_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7thx_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7thx_validation.xml.gz | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7thx_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-Capsid protein ... , 4種, 4分子 1234
#1: タンパク質 | 分子量: 30311.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26577.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
#3: タンパク質 | 分子量: 26997.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
#4: タンパク質 | 分子量: 7632.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
-非ポリマー , 3種, 23分子
#5: 化合物 | ChemComp-SPH / |
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#6: 化合物 | ChemComp-K / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Possum enterovirus W6 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.37 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9687 / 詳細: relion 3.1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OSN Accession code: 5OSN / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.96→114.838 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.745 / WRfactor Rwork: 0.271 / SU B: 13.188 / SU ML: 0.224 / Average fsc overall: 0.9236 / Average fsc work: 0.9236 / ESU R: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.726 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 37770 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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