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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t4s | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/Immune System / glycoprotein complex / antibody complex / Neuropilin 2 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / cytokine binding / growth factor binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / heparin binding / signaling receptor activity / host cell endosome / host cell Golgi apparatus / angiogenesis / postsynaptic membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / axon / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / glutamatergic synapse / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. ...Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. / Rohou, A.L. / Comps-Agrar, L. / Martinez-Martin, N. / Perez, L. / Payandeh, J. / Ciferri, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization. 著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri / 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t4s.cif.gz | 393.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t4s.ent.gz | 311.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t4s_validation.pdf.gz | 739.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t4s_full_validation.pdf.gz | 757 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7t4s_validation.xml.gz | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t4s_validation.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/7t4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/7t4s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25687MC 7t4qC 7t4rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 3種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 87311.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL75, gH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5H9T3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL115, gL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71DN9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 28866.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL130 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38M07 |
-Envelope protein ... , 2種, 2分子 CE
#3: タンパク質 | 分子量: 19746.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL128 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38LY2 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 15011.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL131A, HHV5wtgp112 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8AZ45 |
-抗体 , 4種, 4分子 HJKI
#7: 抗体 | 分子量: 26816.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#8: 抗体 | 分子量: 26600.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#9: 抗体 | 分子量: 25780.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#10: 抗体 | 分子量: 25995.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 11分子 F
#11: 糖 | ChemComp-NAG / #12: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: タンパク質 | | 分子量: 98923.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60462 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was mildly crosslinked with 0.025% glutaraldehyde, incubated for 10 min at room temperature and quenched with 9 mM TRIS pH 7.5 | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21357 詳細: Images were collected in movie-mode at 4 frames/second. |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 6.0 A or better were selected for particle picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2532206 / 詳細: template-matching particle picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2252924 詳細: A composite map was generated from the three individual focused 3D maps. クラス平均像の数: 44 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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