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- PDB-7t4r: CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t4r
タイトルCryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 3
  • (Envelope protein ...) x 2
  • Fab 13H11 heavy chain
  • Fab 13H11 light chain
  • Fab MSL-109 heavy chain
  • Fab MSL-109 light chain
  • Thrombomodulin
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Human Cytomegalovirus / glycoprotein complex / antibody complex / thrombomodulin / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


blood coagulation, common pathway / apicolateral plasma membrane / serine-type endopeptidase complex / zymogen activation / vacuolar membrane / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / response to cAMP / response to X-ray ...blood coagulation, common pathway / apicolateral plasma membrane / serine-type endopeptidase complex / zymogen activation / vacuolar membrane / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / response to cAMP / response to X-ray / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / female pregnancy / blood coagulation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / host cell endosome / response to lipopolysaccharide / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / viral envelope / calcium ion binding / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombomodulin-like, EGF-like / : / Thrombomodulin like fifth domain, EGF-like / Thrombomodulin-like domain / Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain ...Thrombomodulin-like, EGF-like / : / Thrombomodulin like fifth domain, EGF-like / Thrombomodulin-like domain / Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Calcium-binding EGF domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / C-type lectin fold / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Thrombomodulin / UL128 / UL130 / Envelope glycoprotein L / UL131A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. ...Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. / Rohou, A.L. / Comps-Agrar, L. / Martinez-Martin, N. / Perez, L. / Payandeh, J. / Ciferri, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization.
著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombomodulin
B: Envelope glycoprotein H
C: Envelope glycoprotein L
D: Envelope protein UL128
E: Envelope glycoprotein UL130
F: Envelope protein UL131A
G: Fab 13H11 heavy chain
H: Fab 13H11 light chain
I: Fab MSL-109 light chain
J: Fab MSL-109 heavy chain
K: Envelope glycoprotein H
L: Envelope glycoprotein L
M: Envelope protein UL128
N: Envelope glycoprotein UL130
O: Envelope protein UL131A
P: Fab 13H11 heavy chain
Q: Fab 13H11 light chain
R: Fab MSL-109 light chain
S: Fab MSL-109 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)638,35633
ポリマ－635,25919
非ポリマー3,09714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 3種, 6分子 BKCLEN

#2: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 87311.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL75, gH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5H9T3
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 30846.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL115, gL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71DN9
#5: タンパク質 Envelope glycoprotein UL130 / UL130


分子量: 28866.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL130 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38M07

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Envelope protein ... , 2種, 4分子 DMFO

#4: タンパク質 Envelope protein UL128 / UL128


分子量: 19746.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL128 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38LY2
#6: タンパク質 Envelope protein UL131A / Protein UL131A / UL131A


分子量: 15011.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL131A, HHV5wtgp112 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8AZ45

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抗体 , 4種, 8分子 GPHQIRJS

#7: 抗体 Fab 13H11 heavy chain


分子量: 26600.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: 抗体 Fab 13H11 light chain


分子量: 25780.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#9: 抗体 Fab MSL-109 light chain


分子量: 28355.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#10: 抗体 Fab MSL-109 heavy chain


分子量: 27547.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 15分子 A

#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#1: タンパク質 Thrombomodulin / TM / Fetomodulin


分子量: 55128.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THBD, THRM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07204

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of 2x HCMV Pentamer gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to 1x THBD and 2x fabs of human neutralizing antibodies MSL-109 and 13H11
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.59 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1300 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMHEPESHEPES1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, ...詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT)[23]. Grids were incubated with this self-assembled, monolayer (SAM) solution for 24 hours. Prior to grid freezing, grids were removed from the SAM solution and rinsed with EtOH.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 3.5s before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10926

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM3.7.11画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7Coot0.89モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1分類
12cisTEM1.02３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
画像処理詳細: Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 5.0 A or better were selected for particle picking.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10680163
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 504492
詳細: A composite map was generated from the three individual focused 3D maps.
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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