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- PDB-7t0o: cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extrac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t0o
タイトルcryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin
要素
  • (BG505 SOSIP.664 ...) x 4
  • Adnectin
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Inhibitor / HIV gp140 / CD4 / adnectin
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / response to methamphetamine hydrochloride / T cell selection / MHC class II protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / response to methamphetamine hydrochloride / T cell selection / MHC class II protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of monocyte differentiation / Alpha-defensins / Nef Mediated CD4 Down-regulation / regulation of T cell activation / response to vitamin D / Other interleukin signaling / T cell receptor complex / extracellular matrix structural constituent / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / T cell differentiation / immunoglobulin binding / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of interleukin-2 production / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / MHC class II protein complex binding / response to estradiol / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / signaling receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / response to ethanol / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / symbiont entry into host cell / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Concha, N.O. / William, S.P. / Wenzel, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Novel Bent Conformation of CD4 Induced by HIV-1 Inhibitor Indirectly Prevents Productive Viral Attachment.
著者: David Wensel / Shawn Williams / David P Dixon / Paris Ward / Patti McCormick / Nestor Concha / Eugene Stewart / Xuan Hong / Charles Mazzucco / Shreya Pal / Bo Ding / Christoph Fellinger / Mark Krystal /
要旨: GSK3732394 is a multi-specific biologic inhibitor of HIV entry currently under clinical evaluation. A key component of this molecule is an adnectin (6940_B01) that binds to CD4 and inhibits ...GSK3732394 is a multi-specific biologic inhibitor of HIV entry currently under clinical evaluation. A key component of this molecule is an adnectin (6940_B01) that binds to CD4 and inhibits downstream actions of gp160. Studies were performed to determine the binding site of the adnectin on CD4 and to understand the mechanism of inhibition. Using hydrogen-deuterium exchange with mass spectrometry (HDX), CD4 peptides showed differential rates of deuteration (either enhanced or slowed) in the presence of the adnectin that mapped predominantly to the interface of domains 2 and 3 (D2-D3). In addition, an X-ray crystal structure of an ibalizumab Fab/CD4(D1-D4)/adnectin complex revealed an extensive interface between the adnectin and residues on CD4 domains D2-D4 that stabilize a novel T-shaped CD4 conformation. A cryo-EM map of the gp140/CD4/GSK3732394 complex clearly shows the bent conformation for CD4 while bound to gp140. Mutagenic analyses on CD4 confirmed that amino acid F202 forms a key interaction with the adnectin. In addition, amino acid L151 was shown to be a critical indirect determinant of the specificity for binding to the human CD4 protein over related primate CD4 molecules, as it appears to modulate CD4's flexibility to adopt the adnectin-bound conformation. The significant conformational change of CD4 upon adnectin binding brings the D1 domain of CD4 in proximity to the host cell membrane surface, thereby re-orienting the gp120 binding site in a direction that is inaccessible to incoming virus due to a steric clash between gp160 trimers on the virus surface and the target cell membrane.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25581
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: BG505 SOSIP.664 gp140
G: BG505 SOSIP.664 gp140
I: BG505 SOSIP.664 gp140
B: BG505 SOSIP.664 gp140
F: BG505 SOSIP.664 gp140
J: BG505 SOSIP.664 gp140
H: T-cell surface glycoprotein CD4
O: Adnectin
L: T-cell surface glycoprotein CD4
P: Adnectin
M: T-cell surface glycoprotein CD4
Q: Adnectin
K: BG505 SOSIP.664 gp140
N: BG505 SOSIP.664 gp140
R: BG505 SOSIP.664 gp140


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,35615
ポリマ－397,35615
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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BG505 SOSIP.664 ... , 4種, 9分子 DGIBFJKNR

#1: タンパク質 BG505 SOSIP.664 gp140


分子量: 72830.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド BG505 SOSIP.664 gp140


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド BG505 SOSIP.664 gp140


分子量: 3252.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: タンパク質・ペプチド BG505 SOSIP.664 gp140


分子量: 2996.685 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 , 2種, 6分子 HLMOPQ

#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 41385.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01730
#5: タンパク質 Adnectin


分子量: 11959.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The native 10th fibronectin type III (10Fn3) domain from human fibronectin was used as the template for construction of novel libraries of Adnectin variants (Wenzel, D., et al. (2017) ...詳細: The native 10th fibronectin type III (10Fn3) domain from human fibronectin was used as the template for construction of novel libraries of Adnectin variants (Wenzel, D., et al. (2017) Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Vol 61(8), e00508-17, pp 1-19)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin
タイプ: COMPLEX
詳細: the gp140 trimer at 0.67 mg/ml was mixed with soluble CD4 first, and then with Combinection in a 1.25:1 ratio. The sample was incubated overnight at 4 degC. The sample was concentrated to ...詳細: the gp140 trimer at 0.67 mg/ml was mixed with soluble CD4 first, and then with Combinection in a 1.25:1 ratio. The sample was incubated overnight at 4 degC. The sample was concentrated to 35ul before injecting into a Phenomenex 4.6 x 300 mm 3um bead 500Angstroms pore Yara SEC column equilibrated with 20mM Hepes pH7.5, 200 mM KCl, 5mM MgCl2. The complexes were eluted with a flow rate of 0.2 ml/min and fractions collected every 20 seconds into a Thermo-Fisher UV transparent 96-well plates. The absorbance at 280nm was measured for each fraction using a Spectramax plate scanner. The high-molecular weight complex appeared to be comprised of gp140:CD4:Combinectin in a 1:1:1 ratio. The sample used for cryo-EM studies was the single peak fraction of gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml)
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2200 mMKCl1
35 mMMgCl1
試料濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml), 3.5uL were applied to Quantifoil 1.2/1.3 Cu 400 mesh grids that had previously been glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar). The ...詳細: the gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml), 3.5uL were applied to Quantifoil 1.2/1.3 Cu 400 mesh grids that had previously been glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar). The grids were plunged into liquid ethane using a Vitrobot plunger (chamber set to 4 degC and 80% RH) immediately after blotting from 2.5 to 4 sec
試料支持詳細: glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影平均露光時間: 75.7 sec. / 電子線照射量: 1.022 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1078
電子光学装置位相板: OTHER / 球面収差補正装置: Cs corrector
画像スキャンサンプリングサイズ: 11 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Topaz粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFINDCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208485 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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