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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7syk | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 5(delta dII) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / HCV / IRES / 40S | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response ...laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / laminin binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / placenta development / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / rRNA processing / protein tag activity / glucose homeostasis / virus receptor activity / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cell differentiation / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / positive regulation of apoptotic process / cell division / DNA repair / centrosome / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / protein kinase binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | hepatitis C virus genotype 1a (C型肝炎ウイルス) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Brown, Z.P. / Abaeva, I.S. / De, S. / Hellen, C.U.T. / Pestova, T.V. / Frank, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Molecular architecture of 40S translation initiation complexes on the hepatitis C virus IRES. 著者: Zuben P Brown / Irina S Abaeva / Swastik De / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / 要旨: Hepatitis C virus mRNA contains an internal ribosome entry site (IRES) that mediates end-independent translation initiation, requiring a subset of eukaryotic initiation factors (eIFs). Biochemical ...Hepatitis C virus mRNA contains an internal ribosome entry site (IRES) that mediates end-independent translation initiation, requiring a subset of eukaryotic initiation factors (eIFs). Biochemical studies revealed that direct binding of the IRES to the 40S ribosomal subunit places the initiation codon into the P site, where it base pairs with eIF2-bound Met-tRNAiMet forming a 48S initiation complex. Subsequently, eIF5 and eIF5B mediate subunit joining, yielding an elongation-competent 80S ribosome. Initiation can also proceed without eIF2, in which case Met-tRNAiMet is recruited directly by eIF5B. However, the structures of initiation complexes assembled on the HCV IRES, the transitions between different states, and the accompanying conformational changes have remained unknown. To fill these gaps, we now obtained cryo-EM structures of IRES initiation complexes, at resolutions up to 3.5 Å, that cover all major stages from the initial ribosomal association, through eIF2-containing 48S initiation complexes, to eIF5B-containing complexes immediately prior to subunit joining. These structures provide insights into the dynamic network of 40S/IRES contacts, highlight the role of IRES domain II, and reveal conformational changes that occur during the transition from eIF2- to eIF5B-containing 48S complexes and prepare them for subunit joining. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7syk.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7syk.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7syk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7syk_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7syk_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7syk_validation.xml.gz | 165.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7syk_validation.cif.gz | 270.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/7syk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/7syk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25531MC 7syiC 7syjC 7sylC 7syoC 7sypC 7syqC 7syrC 7sysC 7sytC 7syuC 7syvC 7sywC 7syxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 2z
#1: RNA鎖 | 分子量: 603100.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#36: RNA鎖 | 分子量: 128746.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) hepatitis C virus genotype 1a (C型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 149384897 |
-40S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 BFIWZg
#2: タンパク質 | 分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17 |
#9: タンパク質 | 分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0 |
#23: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82 |
#26: タンパク質 | 分子量: 15237.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9CNN4 |
#33: タンパク質 | 分子量: 21431.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22 |
+タンパク質 , 27種, 27分子 CDEGHJKLMNOPQRSTUVXYabcdefh
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 3分子 n
#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
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#37: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 2 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 7.5E-5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: H2/O2 mixture for 25 seconds at 25W power / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 4 second blot time, force 3 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 52000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.26 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 70.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48757 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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