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- PDB-7sk3: Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sk3
タイトルCryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellular Fab, and an extracellular Fab
要素
  • Atypical chemokine receptor 3
  • CID24 Fab heavy chain
  • CID24 Fab light chain
  • CID25 Fab heavy chain
  • CID25 Fab light chain
  • Stromal cell-derived factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Atypical Chemokine Receptor / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oculomotor nerve development / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine binding / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway ...oculomotor nerve development / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine binding / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / scavenger receptor activity / induction of positive chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / integrin activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of T cell migration / vasculogenesis / animal organ regeneration / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / clathrin-coated pit / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / axon guidance / growth factor activity / neuron migration / response to virus / receptor internalization / recycling endosome / response to peptide hormone / defense response / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / integrin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / cell adhesion / response to hypoxia / endosome / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Atypical chemokine receptor 3 / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yen, Y.C. / Schafer, C.T. / Gustavsson, M. / Handel, T.M. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254402 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI161880 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137505 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structures of atypical chemokine receptor 3 reveal the basis for its promiscuity and signaling bias.
著者: Yu-Chen Yen / Christopher T Schafer / Martin Gustavsson / Stefanie A Eberle / Pawel K Dominik / Dawid Deneka / Penglie Zhang / Thomas J Schall / Anthony A Kossiakoff / John J G Tesmer / Tracy M Handel /
要旨: Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled ...Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled receptor (GPCR), whereas ACKR3 is intrinsically biased for arrestin. The molecular basis for this difference is not understood. Here, we describe cryo-EM structures of ACKR3 in complex with CXCL12, a more potent CXCL12 variant, and a small-molecule agonist. The bound chemokines adopt an unexpected pose relative to those established for CXCR4 and observed in other receptor-chemokine complexes. Along with functional studies, these structures provide insight into the ligand-binding promiscuity of ACKR3, why it fails to couple to G proteins, and its bias toward β-arrestin. The results lay the groundwork for understanding the physiological interplay of ACKR3 with other GPCRs.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atypical chemokine receptor 3
B: Stromal cell-derived factor 1
C: CID25 Fab light chain
D: CID25 Fab heavy chain
E: CID24 Fab light chain
F: CID24 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,11214
ポリマ－151,0196
非ポリマー3,0938
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Atypical chemokine receptor 3 / C-X-C chemokine receptor type 7 / CXC-R7 / CXCR-7 / Chemokine orphan receptor 1 / G-protein coupled ...C-X-C chemokine receptor type 7 / CXC-R7 / CXCR-7 / Chemokine orphan receptor 1 / G-protein coupled receptor 159 / G-protein coupled receptor RDC1 homolog / RDC-1


分子量: 45196.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACKR3, CMKOR1, CXCR7, GPR159, RDC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25106
#2: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / hIRH / Pre-B cell growth- ...hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF


分子量: 7978.460 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 22-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P48061

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抗体 , 4種, 4分子 CDEF

#3: 抗体 CID25 Fab light chain


分子量: 23531.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: 抗体 CID25 Fab heavy chain


分子量: 25461.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#5: 抗体 CID24 Fab light chain


分子量: 23471.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#6: 抗体 CID24 Fab heavy chain


分子量: 25380.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 8分子

#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex structure of CID25-ACKR3-CXCL12- CID24 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.01 %LMNG1
40.001 %CHS1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 53.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 528797 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027008
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4429592
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.7652425
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381097
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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