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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sgf | ||||||
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タイトル | Lassa virus glycoprotein construct (Josiah GPC-I53-50A) in complex with LAVA01 antibody | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / glycoprotein / Lassa / Josiah / vaccine design / nanoparticle / protein design / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.41 Å | ||||||
![]() | Antanasijevic, A. / Brouwer, P.J.M. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lassa virus glycoprotein nanoparticles elicit neutralizing antibody responses and protection. 著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C Umotoy / Angela I Schriek / Judith A Burger / Khadija Tejjani / Nicole M Lloyd / Thijs H Steijaert / Marlies M van Haaren / Kwinten Sliepen / Steven W de Taeye / Marit J van Gils / Max Crispin / Thomas Strecker / Alexander Bukreyev / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of ...The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of soluble Lassa virus glycoprotein complex (GPC) trimers, which disassemble into monomeric subunits after expression. Here, we use two-component protein nanoparticles consisting of trimeric and pentameric subunits to stabilize GPC in a trimeric conformation. These GPC nanoparticles present twenty prefusion GPC trimers on the surface of an icosahedral particle. Cryo-EM studies of GPC nanoparticles demonstrated a well-ordered structure and yielded a high-resolution structure of an unliganded GPC. These nanoparticles induced potent humoral immune responses in rabbits and protective immunity against the lethal Lassa virus challenge in guinea pigs. Additionally, we isolated a neutralizing antibody that mapped to the putative receptor-binding site, revealing a previously undefined site of vulnerability. Collectively, these findings offer potential approaches to vaccine and therapeutic design for the Lassa virus. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 364.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25109MC ![]() 7sgdC ![]() 7sgeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 AaBbCc
#1: タンパク質 | 分子量: 73845.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 6分子 HJMLKN
#2: 抗体 | 分子量: 15459.241 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 12490.637 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 6種, 33分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 多糖 | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lassa virus glycoprotein construct(Josiah GPC-I53-50A) in complex with LAVA01 antibody (as Fab fragment) タイプ: COMPLEX 詳細: Complex was assembled by combining GPC-I53-50A and LAVA01 Fabs Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TBS | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The complex was assembled by combining chemically cross-linked GPC-I53-50A with 6-fold molar excess of LAVA01 antibody (as Fab fragment). | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot time 5s, Wait time 10s, Blot force 0 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.5 sec. / 電子線照射量: 50.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3098 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 38 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 416326 / 詳細: template picker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8480 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: C3 symmetry was used for refinement. Solvent mask around the complex was used for refinement. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VK2 |