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万見
- PDB-7sge: I53-50 nanoparticle core reconstructed from GPC-I53-50NP by focus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sge
タイトルI53-50 nanoparticle core reconstructed from GPC-I53-50NP by focused refinement
要素
  • I53-50B component
  • Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / Lassa / Josiah / vaccine design / nanoparticle / protein design
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Brouwer, P.J.M. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Lassa virus glycoprotein nanoparticles elicit neutralizing antibody responses and protection.
著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C Umotoy / Angela I Schriek / Judith A Burger / Khadija Tejjani / Nicole M Lloyd / Thijs H Steijaert / Marlies M van Haaren / Kwinten Sliepen / Steven W de Taeye / Marit J van Gils / Max Crispin / Thomas Strecker / Alexander Bukreyev / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of ...The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of soluble Lassa virus glycoprotein complex (GPC) trimers, which disassemble into monomeric subunits after expression. Here, we use two-component protein nanoparticles consisting of trimeric and pentameric subunits to stabilize GPC in a trimeric conformation. These GPC nanoparticles present twenty prefusion GPC trimers on the surface of an icosahedral particle. Cryo-EM studies of GPC nanoparticles demonstrated a well-ordered structure and yielded a high-resolution structure of an unliganded GPC. These nanoparticles induced potent humoral immune responses in rabbits and protective immunity against the lethal Lassa virus challenge in guinea pigs. Additionally, we isolated a neutralizing antibody that mapped to the putative receptor-binding site, revealing a previously undefined site of vulnerability. Collectively, these findings offer potential approaches to vaccine and therapeutic design for the Lassa virus.
履歴
登録2021年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
B: I53-50B component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0822
ポリマ－92,0822
非ポリマー00
水00
1
A: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
B: I53-50B component
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,524,947120
ポリマ－5,524,947120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
B: I53-50B component
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 460 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,41210
ポリマ－460,41210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
B: I53-50B component
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 552 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)552,49512
ポリマ－552,49512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component


分子量: 73845.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: De novo designed / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 I53-50B component


分子量: 18236.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle
タイプ: COMPLEX
詳細: Nanoparticle consists of 60 monomeric I53-50A and 60 monomeric I53-50B building blocks. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 7 / 詳細: TBS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisTris-HCl1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement of the core. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot time 4s, Wait time 10s, Blot force 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10.5 sec. / 電子線照射量: 50.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2337
画像スキャン動画フレーム数/画像: 42

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2粒子像選択
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13RosettaEMモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 145508 / 詳細: Template picker
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86411 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Icosahedral symmetry imposed for refinement. Solvent mask around the nanoparticle core used for refinement.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6P6F

6p6f


Accession code: 6P6F / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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