PDB-7sam: tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sam

タイトル

tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus

要素

Viral RNA

キーワード

RNA / Viral RNA / 3' UTR

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Brome mosaic virus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å

データ登録者

Kieft, J.S. / Bonilla, S.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM118070	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	F32GM139385	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)	Hanna H. Gray Fellowship	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A viral RNA hijacks host machinery using dynamic conformational changes of a tRNA-like structure.
著者: Steve L Bonilla / Madeline E Sherlock / Andrea MacFadden / Jeffrey S Kieft /

要旨: Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using ...

履歴

登録	2021年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-24952 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sam.cif.gz	122.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sam.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sam_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sam_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7sam_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	7sam_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sam	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	24952MC 25023C 25041C 7sc6C 7scqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6psd-d 4ric-2 5t1t-d 4cti-d 1tr2-1 2eul-6 6fjy-d 4wwi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10993 (タイトル: Cryo-EM micrographs of BMV TLS RNA / Data size: 6.7 TB Data #1: Aligned micrographs (with and without dose-weighting), dataset 1 [micrographs - single frame] Data #2: Aligned micrographs (with and without dose-weighting), dataset 2 [micrographs - single frame])

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
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#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Viral RNA

55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Conformational heterogeneity was assessed using gel electrophoresis under native conditions.

#1: RNA鎖	Viral RNA 分子量: 55044.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed / 由来: (合成) Brome mosaic virus (ウイルス)

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV) genome タイプ: COMPLEX 詳細: RNA was generated by in vitro transcription of sequence-verified linear DNA template Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 0.05456 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
緩衝液	pH: 7 / 詳細: Solution contained 10 mM magnesium chloride.
緩衝液成分	濃度: 50 mM / 名称: NaMOPS
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse as determined by native gel electrophoresis.
試料支持	グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: -800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: -2000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128226 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

精密化

立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.85 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0013	4021
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.39	6263
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0216	845
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0029	169
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	13.2825	2025

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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