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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rfp | ||||||
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タイトル | Mouse GITR (mGITR) with DTA-1 Fab fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Mouse glucocorticoid-induced tumor necrosis factor receptor / mGITR / TNF receptor / DTA-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of cell adhesion / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Muromegalovirus G4 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Meyerson, J.R. / He, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Therapeutic antibody activation of the glucocorticoid-induced TNF receptor by a clustering mechanism. 著者: Changhao He / Rachana R Maniyar / Yahel Avraham / Roberta Zappasodi / Radda Rusinova / Walter Newman / Heidi Heath / Jedd D Wolchok / Rony Dahan / Taha Merghoub / Joel R Meyerson / 要旨: GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a ...GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a high-order array. Immunotherapeutic agonist antibodies also activate the receptor, but their mechanisms are not well characterized. We solved the structure of full-length mouse GITR bound to Fabs from the antibody DTA-1. The receptor is a dimer, and each subunit binds one Fab in an orientation suggesting that the antibody clusters receptors. Binding experiments with purified proteins show that DTA-1 IgG and GITRL both drive extensive clustering of GITR. Functional data reveal that DTA-1 and the anti-human GITR antibody TRX518 activate GITR in their IgG forms but not as Fabs. Thus, the divalent character of the IgG agonists confers an ability to mimic GITRL and cluster and activate GITR. These findings will inform the clinical development of this class of antibodies for immuno-oncology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rfp.cif.gz | 176.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rfp.ent.gz | 118.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rfp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rfp_validation.pdf.gz | 768.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rfp_full_validation.pdf.gz | 771.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rfp_validation.xml.gz | 36.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rfp_validation.cif.gz | 59.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54848.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Muromegalovirus G4 (ウイルス) 遺伝子: Tnfrsf18, Gitr, eGFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35714, UniProt: A0A7G8ZY66 #2: 抗体 | 分子量: 51014.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 26320.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mGITR with DTA-1 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423425 / 対称性のタイプ: POINT |