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万見
- PDB-7qje: Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 4-spoke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qje
タイトルStructure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 4-spoked assembly intermediate (spokes 9-12)
要素
  • Gamma-tubulin complex component 4
  • Gamma-tubulin complex component 5
  • Gamma-tubulin complex component 6
  • Tubulin gamma-1 chain
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Assembly / Intermediate / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


equatorial microtubule organizing center / microtubule minus-end binding / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / gamma-tubulin binding ...equatorial microtubule organizing center / microtubule minus-end binding / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / gamma-tubulin binding / 中心体マトリックス / cytoplasmic microtubule / cell leading edge / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / 中心小体 / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / 紡錘体 / spindle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / mitotic cell cycle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / 微小管 / neuron projection / 中心体 / GTP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / チューブリン ...Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin gamma-1 chain / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 5 / Gamma-tubulin complex component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Tonon, G. / Zupa, E. / Pfeffer, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Schi 295/4-4 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Modular assembly of the principal microtubule nucleator γ-TuRC.
著者: Martin Würtz / Erik Zupa / Enrico S Atorino / Annett Neuner / Anna Böhler / Ariani S Rahadian / Bram J A Vermeulen / Giulia Tonon / Sebastian Eustermann / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer /
要旨: The gamma-tubulin ring complex (γ-TuRC) is the principal microtubule nucleation template in vertebrates. Recent cryo-EM reconstructions visualized the intricate quaternary structure of the γ-TuRC, ...The gamma-tubulin ring complex (γ-TuRC) is the principal microtubule nucleation template in vertebrates. Recent cryo-EM reconstructions visualized the intricate quaternary structure of the γ-TuRC, containing more than thirty subunits, raising fundamental questions about γ-TuRC assembly and the role of actin as an integral part of the complex. Here, we reveal the structural mechanism underlying modular γ-TuRC assembly and identify a functional role of actin in microtubule nucleation. During γ-TuRC assembly, a GCP6-stabilized core comprising GCP2-3-4-5-4-6 is expanded by stepwise recruitment, selective stabilization and conformational locking of four pre-formed GCP2-GCP3 units. Formation of the lumenal bridge specifies incorporation of the terminal GCP2-GCP3 unit and thereby leads to closure of the γ-TuRC ring in a left-handed spiral configuration. Actin incorporation into the complex is not relevant for γ-TuRC assembly and structural integrity, but determines γ-TuRC geometry and is required for efficient microtubule nucleation and mitotic chromosome alignment in vivo.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-14019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Gamma-tubulin complex component 4
J: Gamma-tubulin complex component 5
K: Gamma-tubulin complex component 4
L: Gamma-tubulin complex component 6
W: Tubulin gamma-1 chain
X: Tubulin gamma-1 chain
Y: Tubulin gamma-1 chain
Z: Tubulin gamma-1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)676,4728
ポリマ－676,4728
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 4 / hGCP4 / Gamma-ring complex protein 76 kDa / hGrip76


分子量: 76179.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP4, 76P, GCP4
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9UGJ1
#2: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 5 / GCP-5


分子量: 118467.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP5, GCP5, KIAA1899
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q96RT8
#3: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 6 / GCP-6


分子量: 200733.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP6, GCP6, KIAA1669
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q96RT7
#4: タンパク質
Tubulin gamma-1 chain / Gamma-1-tubulin / Gamma-tubulin complex component 1 / GCP-1


分子量: 51227.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBG1, TUBG
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P23258

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Recombinant human Gamma-Tubulin Ring Complex delta GCP2/3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 62.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11276

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.4粒子像選択
2EPU2.6画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7NAMDモデルフィッティング
8VMDモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1888166
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9192 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
17AS4

7as4

A1
27AS4

7as4

B1
37AS4

7as4

K1
47AS4

7as4

O1
57AS4

7as4

71
66V6S

6v6s

J1
76V6S

6v6s

L1
86L81

6l81

1
96X0U

6x0u

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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