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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qh4 | ||||||
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タイトル | Structure of the B. subtilis disome - collided 70S ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosome rescue / disome / ribosome collision / stalling / no-go complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kratzat, H. / Buschauer, R. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Ribosome collisions induce mRNA cleavage and ribosome rescue in bacteria. 著者: Kazuki Saito / Hanna Kratzat / Annabelle Campbell / Robert Buschauer / A Maxwell Burroughs / Otto Berninghausen / L Aravind / Rachel Green / Roland Beckmann / Allen R Buskirk / 要旨: Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled ...Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled in the middle of a transcript from actively translating ribosomes. Here, using a genetic screen in Escherichia coli, we discovered a new rescue factor that has endonuclease activity. SmrB cleaves mRNAs upstream of stalled ribosomes, allowing the ribosome rescue factor tmRNA (which acts on truncated mRNAs) to rescue upstream ribosomes. SmrB is recruited to ribosomes and is activated by collisions. Cryo-electron microscopy structures of collided disomes from E. coli and Bacillus subtilis show distinct and conserved arrangements of individual ribosomes and the composite SmrB-binding site. These findings reveal the underlying mechanisms by which ribosome collisions trigger ribosome rescue in bacteria. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qh4.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qh4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qh4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qh4_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qh4_validation.xml.gz | 270.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qh4_validation.cif.gz | 463.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qh4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 5分子 ABWy1
#1: RNA鎖 | 分子量: 949606.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1864548803 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1560652061 |
#31: RNA鎖 | 分子量: 503698.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1864548803 |
#51: RNA鎖 | 分子量: 24815.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1772258810 |
+50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFHIJKLMNOPQRSTUVYZabcdef
-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#7: タンパク質 | 分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A857HBB3 |
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-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 Xghijklmnopqrstuvwx
#32: タンパク質 | 分子量: 28009.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XFB4 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 24351.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3N6BZP3 |
#34: タンパク質 | 分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XDX5 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1A0G5K9 |
#36: タンパク質 | 分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCU1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X741 |
#38: タンパク質 | 分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCN0 |
#39: タンパク質 | 分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCS1 |
#40: タンパク質 | 分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRV5 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13993.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A7U5HS75 |
#42: タンパク質 | 分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCJ2 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X7B3 |
#44: タンパク質 | 分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRV2 |
#45: タンパク質 | 分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A2J0WEG5 |
#46: タンパク質 | 分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XHU4 |
#47: タンパク質 | 分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCK9 |
#48: タンパク質 | 分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3A5I3T1 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRU0 |
#50: タンパク質 | 分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A086DNG8 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: collided ribosome of the disome structure / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 5.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12739 / 対称性のタイプ: POINT |