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- PDB-7puy: Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7puy
タイトルStructure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C3-symmetric map
要素
  • Glycoprotein G2
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / Spike complex / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Diskin, R. / Katz, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure and receptor recognition by the Lassa virus spike complex.
著者: Michael Katz / Jonathan Weinstein / Maayan Eilon-Ashkenazy / Katrin Gehring / Hadas Cohen-Dvashi / Nadav Elad / Sarel J Fleishman / Ron Diskin /
要旨: Lassa virus (LASV) is a human pathogen, causing substantial morbidity and mortality. Similar to other Arenaviridae, it presents a class-I spike complex on its surface that facilitates cell entry. The ...Lassa virus (LASV) is a human pathogen, causing substantial morbidity and mortality. Similar to other Arenaviridae, it presents a class-I spike complex on its surface that facilitates cell entry. The virus's cellular receptor is matriglycan, a linear carbohydrate that is present on α-dystroglycan, but the molecular mechanism that LASV uses to recognize this glycan is unknown. In addition, LASV and other arenaviruses have a unique signal peptide that forms an integral and functionally important part of the mature spike; yet the structure, function and topology of the signal peptide in the membrane remain uncertain. Here we solve the structure of a complete native LASV spike complex, finding that the signal peptide crosses the membrane once and that its amino terminus is located in the extracellular region. Together with a double-sided domain-switching mechanism, the signal peptide helps to stabilize the spike complex in its native conformation. This structure reveals that the LASV spike complex is preloaded with matriglycan, suggesting the mechanism of binding and rationalizing receptor recognition by α-dystroglycan-tropic arenaviruses. This discovery further informs us about the mechanism of viral egress and may facilitate the rational design of novel therapeutics that exploit this binding site.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13662
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Glycoprotein G2
b: Glycoprotein G2
c: Glycoprotein G2
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,95633
ポリマ－171,4436
非ポリマー8,51327
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "a"
d_2ens_2chain "b"
d_3ens_2chain "c"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.495544829548, -0.868581132734, -0.00146211033129), (0.868581072868, -0.495540489513, -0.00255795010878), (0.00149725233367, -0.00253754031085, 0.999995659553)314.275168962, 83.6637855222, -0.0082609186683
2given(-0.503502855697, 0.863993283607, 0.000692955181274), (-0.863988796194, -0.503502580501, 0.00291744404495), (0.00286955678208, 0.00087023589508, 0.999995504157)84.8554454089, 314.002903713, -0.474677131687
3given(-0.500899312566, -0.86550528539, -0.000692554798109), (0.865505125676, -0.500899703322, 0.000603854589148), (-0.000869539831422, -0.00029693937898, 0.999999577864)314.544725202, 84.261238855, -0.0441263650771
4given(-0.498614581233, 0.866819530106, -0.00272058995926), (-0.86682085374, -0.498618613329, -0.00104209617105), (-0.00225984610623, 0.00183865976523, 0.999995756204)84.3659901234, 314.409956277, 0.111118962655

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein G2 / GP2


分子量: 28083.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08669
#2: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 29064.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08669
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 458.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-3DGlcpAb1-3DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1a_1-5][a2122A-1b_1-5]/1-2-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Xylp]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(3+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complete spike complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 73 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 91903 / 詳細: Global low-pass filtering based on map-model FSC / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 48.4 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002410602
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.614814340
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04341728
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00461746
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.50873846
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699837947628
ens_1d_3FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000698744983358
ens_2d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701619202457
ens_2d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707785851087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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