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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pd3 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial ribosome / large subunit / ribosome biogenesis / GTPase / rRNA modification | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / regulation of mitochondrial translation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis ...regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / regulation of mitochondrial translation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / rRNA import into mitochondrion / rRNA methyltransferase activity / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Respiratory electron transport / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / iron-sulfur cluster assembly complex / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial large ribosomal subunit binding / mitochondrial fission / camera-type eye development / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / rRNA methylation / [2Fe-2S] cluster assembly / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / respiratory chain complex I / mitochondrial ribosome / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / anatomical structure morphogenesis / acyl carrier activity / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / rRNA processing / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / heart development / large ribosomal subunit rRNA binding / double-stranded DNA binding / 5S rRNA binding / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / GTPase activity / mRNA binding / nucleotide binding / calcium ion binding / synapse / GTP binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Chandrasekaran, V. / Desai, N. / Burton, N.O. / Yang, H. / Price, J. / Miska, E.A. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Visualizing formation of the active site in the mitochondrial ribosome. 著者: Viswanathan Chandrasekaran / Nirupa Desai / Nicholas O Burton / Hanting Yang / Jon Price / Eric A Miska / V Ramakrishnan / 要旨: Ribosome assembly is an essential and conserved process that is regulated at each step by specific factors. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we visualize the formation of the conserved ...Ribosome assembly is an essential and conserved process that is regulated at each step by specific factors. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we visualize the formation of the conserved peptidyl transferase center (PTC) of the human mitochondrial ribosome. The conserved GTPase GTPBP7 regulates the correct folding of 16S ribosomal RNA (rRNA) helices and ensures 2'-O-methylation of the PTC base U3039. GTPBP7 binds the RNA methyltransferase NSUN4 and MTERF4, which sequester H68-71 of the 16S rRNA and allow biogenesis factors to access the maturing PTC. Mutations that disrupt binding of their orthologs to the large subunit potently activate mitochondrial stress and cause viability, development, and sterility defects. Next-generation RNA sequencing reveals widespread gene expression changes in these mutant animals that are indicative of mitochondrial stress response activation. We also answer the long-standing question of why NSUN4, but not its enzymatic activity, is indispensable for mitochondrial protein synthesis. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 7pd3.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pd3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pd3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pd3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pd3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pd3_validation.xml.gz | 225.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pd3_validation.cif.gz | 356.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+39S ribosomal protein ... , 47種, 48分子 0123456789CHDEFGJKLMNOPQRSTUVW...
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#11: RNA鎖 | 分子量: 500070.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021 |
-タンパク質 , 7種, 7分子 opqvwyx
#48: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#50: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#55: タンパク質 | 分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8 |
#56: タンパク質 | 分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561 |
#57: タンパク質 | 分子量: 44012.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6M4 |
#58: タンパク質 | 分子量: 43140.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q96CB9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 t
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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-Mitochondrial ... , 2種, 2分子 uz
#54: タンパク質 | 分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3 |
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#59: タンパク質 | 分子量: 37292.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BT17 |
-非ポリマー , 11種, 275分子
#60: 化合物 | #61: 化合物 | ChemComp-A / #62: 化合物 | ChemComp-U / #63: 化合物 | ChemComp-C / #64: 化合物 | ChemComp-OMG / | #65: 化合物 | ChemComp-G / #66: 化合物 | ChemComp-PSU / | #67: 化合物 | ChemComp-MG / #68: 化合物 | ChemComp-PNS / | #69: 化合物 | ChemComp-SAM / | #70: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human mitoribosomal large subunit assembly intermediate タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#59 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.1 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66340 / 対称性のタイプ: POINT |