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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p5c | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human TTYH3 in Ca2+ and GDN | ||||||
要素 | Protein tweety homolog 3 | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / Membrane protein / lipid metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 volume-sensitive chloride channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / chloride transport / chloride channel activity / chloride channel complex / Stimuli-sensing channels / monoatomic ion transmembrane transport / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sukalskaia, A. / Straub, M.S. / Sawicka, M. / Deneka, D. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of the TTYH family reveal a novel architecture for lipid interactions. 著者: Anastasiia Sukalskaia / Monique S Straub / Dawid Deneka / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: The Tweety homologs (TTYHs) are members of a conserved family of eukaryotic membrane proteins that are abundant in the brain. The three human paralogs were assigned to function as anion channels that ...The Tweety homologs (TTYHs) are members of a conserved family of eukaryotic membrane proteins that are abundant in the brain. The three human paralogs were assigned to function as anion channels that are either activated by Ca or cell swelling. To uncover their unknown architecture and its relationship to function, we have determined the structures of human TTYH1-3 by cryo-electron microscopy. All structures display equivalent features of a dimeric membrane protein that contains five transmembrane segments and an extended extracellular domain. As none of the proteins shows attributes reminiscent of an anion channel, we revisited functional experiments and did not find any indication of ion conduction. Instead, we find density in an extended hydrophobic pocket contained in the extracellular domain that emerges from the lipid bilayer, which suggests a role of TTYH proteins in the interaction with lipid-like compounds residing in the membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p5c.cif.gz | 146.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p5c.ent.gz | 117.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p5c_validation.pdf.gz | 733.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p5c_full_validation.pdf.gz | 740 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p5c_validation.xml.gz | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p5c_validation.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58350.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTYH3, KIAA1691 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C0H2 #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TTYH3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.116 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 69.56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 494792 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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