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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oyd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a rabbit 80S ribosome with zebrafish Dap1b | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / embryo / zebrafish / maternal / Dap1 / Dap1b / Habp4 / Eif5a / Eef2b | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 death domain binding / positive regulation of translational termination / ribosome hibernation / PML body organization / positive regulation of translational elongation / SUMO binding / regulation of G1 to G0 transition / laminin receptor activity / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator ...death domain binding / positive regulation of translational termination / ribosome hibernation / PML body organization / positive regulation of translational elongation / SUMO binding / regulation of G1 to G0 transition / laminin receptor activity / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling / 90S preribosome / mRNA transport / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / erythrocyte development / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / laminin binding / translation repressor activity / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / maturation of LSU-rRNA / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to amino acid starvation / rescue of stalled ribosome / negative regulation of autophagy / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / placenta development / small-subunit processome / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to gamma radiation / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rhythmic process / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / glucose homeostasis / virus receptor activity / protein transport / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / killing of cells of another organism / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Leesch, F. / Lorenzo-Orts, L. / Grishkovskaya, I. / Kandolf, S. / Belacic, K. / Meinhart, A. / Haselbach, D. / Pauli, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, スイス, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: A molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg. 著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne ...著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli / 要旨: Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oyd.cif.gz | 4.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oyd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oyd_validation.pdf.gz | 916.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oyd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oyd_validation.xml.gz | 290.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oyd_validation.cif.gz | 476.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ribosomal protein ... , 13種, 13分子 xBDDFFNQQQRVWWWYj
#1: タンパク質 | 分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06 |
#15: タンパク質 | 分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3 |
#21: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5 |
#36: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1 |
#42: タンパク質 | 分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#43: タンパク質 | 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4 |
#44: タンパク質 | 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TYL6 |
#52: タンパク質 | 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1 |
#54: タンパク質 | 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28 |
#55: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89 |
#58: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0 |
#71: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 589K
#2: RNA鎖 | 分子量: 1213395.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_3 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 576826.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#31: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4 |
+60S ribosomal protein ... , 34種, 34分子 ACDEFGHIJLMOPSTUXZabcdefghikln...
+40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 AAAaBBBbCCCcDdEEEeGGHHIIJJLLNNOOPPRRSSTTUUVVXXYYZZ
-タンパク質 , 7種, 7分子 GgKKms1tvw
#24: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4 |
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#32: タンパク質 | 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3 |
#74: タンパク質 | 分子量: 14771.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#80: タンパク質 | 分子量: 12128.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: dap1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I9N0 |
#81: タンパク質 | 分子量: 16954.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P10160 |
#82: タンパク質 | 分子量: 95605.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#83: タンパク質 | 分子量: 44880.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SW77 |
-非ポリマー , 2種, 208分子
#84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of a rabbit 80S ribosome with zebrafish Dap1b タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9127 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1808120 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 479754 / 詳細: Composite map of separately refined subunits / 対称性のタイプ: POINT |