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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oya | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 1 hpf zebrafish embryo 80S ribosome | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / embryo / zebrafish / maternal / Dap1 / Dap1b / Habp4 / Eif5a / Eef2b | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Platelet degranulation / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / optokinetic behavior / regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling ...Platelet degranulation / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / optokinetic behavior / regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / EGFR downregulation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / NF-kB is activated and signals survival / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RMTs methylate histone arginines / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Hedgehog ligand biogenesis / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / TNFR1-mediated ceramide production / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of necroptotic cell death / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Negative regulation of MET activity / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Downregulation of ERBB2 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Protein methylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Regulation of signaling by CBL / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Protein hydroxylation / KEAP1-NFE2L2 pathway / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of RUNX3 expression and activity / mTORC1-mediated signalling / Regulation of FZD by ubiquitination / brain segmentation / p75NTR recruits signalling complexes / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Interleukin-1 signaling / nucleate erythrocyte maturation / anatomical structure development / convergent extension involved in gastrulation / ABC-family proteins mediated transport / Regulation of TNFR1 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / NOD1/2 Signaling Pathway / Ovarian tumor domain proteases / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Oxidative Stress Induced Senescence / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Degradation / Stabilization of p53 / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / convergent extension involved in axis elongation / Neutrophil degranulation / primitive hemopoiesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / death domain binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Leesch, F. / Lorenzo-Orts, L. / Grishkovskaya, I. / Kandolf, S. / Belacic, K. / Meinhart, A. / Haselbach, D. / Pauli, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, スイス, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: A molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg. 著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne ...著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli / 要旨: Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oya.cif.gz | 4.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oya.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oya.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oya_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oya_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oya_validation.xml.gz | 301.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oya_validation.cif.gz | 533.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oya | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 22517181
#1: RNA鎖 | 分子量: 625968.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: LR812041.1 |
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#76: RNA鎖 | 分子量: 1382249.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: AL935186.22 |
#77: RNA鎖 | 分子量: 38739.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
#78: RNA鎖 | 分子量: 50823.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: LR812041.1 |
+40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 A2B2C2E2G2H2I2J2L2N2R2V2W2X2Y2a2b2e2P2U2c2d2Z2T2S2
-Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 O2F2K2Q2e1j1B1C1D1F1N1Q1U1X1l1
#12: タンパク質 | 分子量: 16274.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBW3 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 22909.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PC80 |
#23: タンパク質 | 分子量: 18919.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7T1J9 |
#25: タンパク質 | 分子量: 16387.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q1LWH1 |
#38: タンパク質 | 分子量: 15851.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q24JV1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11074.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQJ7 |
#48: タンパク質 | 分子量: 46358.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q5BJJ2 |
#49: タンパク質 | 分子量: 42644.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZW95 |
#50: タンパク質 | 分子量: 34118.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQB1 |
#52: タンパク質 | 分子量: 28505.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q417 |
#58: タンパク質 | 分子量: 24124.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DHS3 |
#61: タンパク質 | 分子量: 21045.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DGL0 |
#64: タンパク質 | 分子量: 16316.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: F1QG80 |
#67: タンパク質 | 分子量: 17686.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: F1QGI3 |
#69: タンパク質 | 分子量: 6410.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IMW8 |
-タンパク質 , 7種, 7分子 D2g2i2p1Y1q1s1
#21: タンパク質 | 分子量: 26879.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 参照: UniProt: Q7ZVD9, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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#29: タンパク質 | 分子量: 35161.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: O42248 |
#33: タンパク質 | 分子量: 38616.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: B0R085 |
#46: タンパク質 | 分子量: 10229.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A7YY10 |
#68: タンパク質 | 分子量: 17387.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7SXA1 |
#79: タンパク質 | 分子量: 43391.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q8AW82 |
#82: タンパク質 | 分子量: 12128.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q9I9N0 |
+60S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 Z1b1c1d1f1g1h1i1k1o1A1E1G1H1J1L1M1O1P1R1T1V1W1n1r1I1S1m1a1
-Eukaryotic translation ... , 2種, 2分子 v211
#80: タンパク質 | 分子量: 95623.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P3J5 |
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#81: タンパク質 | 分子量: 16987.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6NX89 |
-非ポリマー , 2種, 209分子
#83: 化合物 | ChemComp-ZN / #84: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 80S ribosome from 1 hpf zebrafish embryos / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 組織: 1 hpf embryos | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1961364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 535633 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |