PDB-7ovr: Mature HIV-1 matrix structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ovr

タイトル

Mature HIV-1 matrix structure

要素

HIV-1 matrix

キーワード

VIRUS / HIV-1 / Gag / matrix

機能・相同性

機能・相同性情報

viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å

データ登録者

Qu, K. / Ke, Z.L. / Zila, V. / Anders-Oesswein, M. / Glass, B. / Muecksch, F. / Mueller, R. / Schultz, C. / Mueller, B. / Kraeusslich, H.G. / Briggs, J.A.G.

資金援助

European Union,

英国,

ドイツ,

米国, 8件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION	European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/16	英国
German Research Foundation (DFG)	112927078 - TRR 83	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	240245660 - SFB1129 project 5	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	MU885-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	240245660 - SFB1129 project 6	ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM127631	米国
German Research Foundation (DFG)	278001972 - TRR186 project Z1	ドイツ

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Maturation of the matrix and viral membrane of HIV-1.
著者: Kun Qu / Zunlong Ke / Vojtech Zila / Maria Anders-Össwein / Bärbel Glass / Frauke Mücksch / Rainer Müller / Carsten Schultz / Barbara Müller / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /

要旨: Gag, the primary structural protein of HIV-1, is recruited to the plasma membrane for virus assembly by its matrix (MA) domain. Gag is subsequently cleaved into its component domains, causing ...

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-13088 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-13088 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ovr.cif.gz	384.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ovr.ent.gz	272.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ovr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ovr_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ovr_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7ovr_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	7ovr_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	13088MC 13085C 13086C 13087C 7ovqC 13079 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	9311 5wk1-d 7o40-d 7o3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 matrix

B: HIV-1 matrix

C: HIV-1 matrix

D: HIV-1 matrix

E: HIV-1 matrix

F: HIV-1 matrix

H: HIV-1 matrix

I: HIV-1 matrix

J: HIV-1 matrix

O: HIV-1 matrix

P: HIV-1 matrix

Q: HIV-1 matrix

R: HIV-1 matrix

S: HIV-1 matrix

U: HIV-1 matrix

W: HIV-1 matrix

Y: HIV-1 matrix

b: HIV-1 matrix

c: HIV-1 matrix

d: HIV-1 matrix

e: HIV-1 matrix

f: HIV-1 matrix

j: HIV-1 matrix

l: HIV-1 matrix

ヘテロ分子

337 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	... HIV-1 matrix 分子量: 13084.983 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物	... ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸分子量: 746.566 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉O₁₉P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素	名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS 詳細: cHIV MA-SP1 Gag proteolytic cleavage mutant virus particles purified from HEK293T cells. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: cHIV MA-SP1 Gag proteolytic cleavage mutant virus particles purified from HEK293T cells.
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 3.5 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	MATLAB	volume selection
2	SerialEM	画像取得
4	CTFFIND	CTF補正
5	NOVACTF	CTF補正
8	UCSF Chimera	モデルフィッティング
14	AV3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₃ (3回回転対称)

3次元再構成

解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19586 / 対称性のタイプ: POINT

EM volume selection

Num. of tomograms: 65 / Num. of volumes extracted: 119343

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: Only the backbone of the protein model was fitted as a rigid body.

原子モデル構築

ID	PDB-ID	3D fitting-ID
1	2H3Q 2h3q	1
2	2H3V 2h3v	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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