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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7os1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Brr2 in complex with Fbp21 | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / mRNA Splicing / Spliceosomal Assembly (スプライセオソーム) / Splicing Regulation / Brr2 Helicase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / proline-rich region binding / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / proline-rich region binding / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bergfort, A. / Hilal, T. / Weber, G. / Wahl, M.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: The intrinsically disordered TSSC4 protein acts as a helicase inhibitor, placeholder and multi-interaction coordinator during snRNP assembly and recycling. 著者: Alexandra Bergfort / Tarek Hilal / Benno Kuropka / İbrahim Avşar Ilik / Gert Weber / Tuğçe Aktaş / Christian Freund / Markus C Wahl / 要旨: Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. ...Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. The intrinsically disordered TSSC4 protein has been identified as a nuclear-localized U5 snRNP and U4/U6-U5 tri-snRNP assembly/recycling factor, but how TSSC4's intrinsic disorder supports TSSC4 functions remains unknown. Using diverse interaction assays and cryogenic electron microscopy-based structural analysis, we show that TSSC4 employs four conserved, non-contiguous regions to bind the PRPF8 Jab1/MPN domain and the SNRNP200 helicase at functionally important sites. It thereby inhibits SNRNP200 helicase activity, spatially aligns the proteins, coordinates formation of a U5 sub-module and transiently blocks premature interaction of SNRNP200 with at least three other spliceosomal factors. Guided by the structure, we designed a TSSC4 variant that lacks stable binding to the PRPF8 Jab1/MPN domain or SNRNP200 in vitro. Comparative immunoprecipitation/mass spectrometry from HEK293 nuclear extract revealed distinct interaction profiles of wild type TSSC4 and the variant deficient in PRPF8/SNRNP200 binding with snRNP proteins, other spliceosomal proteins as well as snRNP assembly/recycling factors and chaperones. Our findings elucidate molecular strategies employed by an intrinsically disordered protein to promote snRNP assembly, and suggest multiple TSSC4-dependent stages during snRNP assembly/recycling. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. 著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7os1.cif.gz | 325.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7os1.ent.gz | 258.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7os1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 198785.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75643, ヘリカーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20208.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WBP4, FBP21, FNBP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75554 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1877 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 787610 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57854 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 102 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CC, R.m.s.d. Bonds / Angles | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 151.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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