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万見
- PDB-7orn: La Crosse virus polymerase at replication initiation stage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7orn
タイトルLa Crosse virus polymerase at replication initiation stage
要素
  • La Crosse virus polymerase
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arragain, B. / Durieux Trouilleton, Q. / Baudin, F. / Cusack, S. / Schoehn, G. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription.
著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La Crosse virus polymerase
H: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,6566
ポリマ－278,1003
非ポリマー5563
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9370 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area67500 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 La Crosse virus polymerase


分子量: 264751.062 Da / 分子数: 1 / 変異: H34K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
遺伝子: L segment / 細胞株 (発現宿主): Hi 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 HT

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5466.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Mutated 5' sequence of La Crosse virus M segment Nucleotides G2, U3, A9 and C10 were mutated into C2, G3, C9 and G10
由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 7882.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 3' extremity (25 nucleotides) of La Crosse virus M segment
由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)

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非ポリマー , 3種, 95分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1La Crosse virus polymerase at replication initiationCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2La Crosse virus polymeraseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.279 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)2560547
33La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)2560547
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM TRIS-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM BME, 100 uM ATP/UTP and 5mM MgCl2.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-Hcl1
2150 mMNaClNaCl1
35 mMbeta-mercaptoethanol1
4100 uMATP1
5100 uMUTP1
65 mMMgCl21
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 1.3 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. 100 uM ATP/UTP and 5mM MgCl2 for 4h at 30dregree
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot force 1 2 sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 18000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15573
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3粒子像選択Blob picker
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正Patch CTF correction
7Coot0.9.2モデルフィッティング
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化real space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4615689
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 641008 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 64.15 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6Z6G

6z6g


PDB chain-ID: A / Accession code: 6Z6G / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315074
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47520510
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.1032279
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412307
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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