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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oko | ||||||
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タイトル | Structure of the outer-membrane core complex (outer ring) from a conjugative type IV secretion system | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Type IV secretion system / F plasmid / outer-membrane core complex / conjugation | ||||||
機能・相同性 | Pilus assembly TraK / Type-F conjugative transfer system secretin TraK / TraK protein / Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Type-F conjugative transfer system secretin TraK / Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) Salmonella enterica subsp. salamae serovar 58:l z13 z28:z6 | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Amin, H. / Ilangovan, A. / Costa, T.R.D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Architecture of the outer-membrane core complex from a conjugative type IV secretion system. 著者: Himani Amin / Aravindan Ilangovan / Tiago R D Costa / 要旨: Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double ...Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double membrane-spanning nanomachine called the type 4 secretion system (T4SS) made up of the inner-membrane complex (IMC), the outer-membrane core complex (OMCC) and the conjugative pilus. The iconic F plasmid-encoded T4SS has been central in understanding conjugation for several decades, however atomic details of its structure are not known. Here, we report the structure of a complete conjugative OMCC encoded by the pED208 plasmid from E. coli, solved by cryo-electron microscopy at 3.3 Å resolution. This 2.1 MDa complex has a unique arrangement with two radial concentric rings, each having a different symmetry eventually contributing to remarkable differences in protein stoichiometry and flexibility in comparison to other OMCCs. Our structure suggests that F-OMCC is a highly dynamic complex, with implications for pilus extension and retraction during conjugation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oko.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oko.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oko_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oko_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oko_validation.xml.gz | 165.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oko_validation.cif.gz | 260.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7oko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7oko | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20928.650 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: traV, GND40_003952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A753A8N9 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1128.233 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: タンパク質 | 分子量: 23312.551 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. salamae serovar 58:l,z13,z28:z6 (サルモネラ菌) 遺伝子: traK, G4J24_003123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A734HNY4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Outer-membrane core complex (outer ring) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 298235 / 対称性のタイプ: POINT |