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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o80 | ||||||||||||
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タイトル | Rabbit 80S ribosome in complex with eRF1 and ABCE1 stalled at the STOP codon in the mutated SARS-CoV-2 slippery site | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Frameshift / virus / pseudoknot | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() translation termination factor activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation release factor complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoplasmic translational termination ...translation termination factor activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation release factor complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoplasmic translational termination / regulation of translational termination / ribosomal subunit / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / laminin receptor activity / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / mammalian oogenesis stage / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ribosomal small subunit binding / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / cytosolic ribosome / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translational initiation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of translation / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein tag activity / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / ribosome biogenesis / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / retina development in camera-type eye / glucose homeostasis / virus receptor activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / regulation of translation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ribosomal small subunit biogenesis / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / ribosomal small subunit assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / small ribosomal subunit 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Bhatt, P.R. / Scaiola, A. / Leibundgut, M.A. / Atkins, J.F. / Ban, N. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of ribosomal frameshifting during translation of the SARS-CoV-2 RNA genome. 著者: Pramod R Bhatt / Alain Scaiola / Gary Loughran / Marc Leibundgut / Annika Kratzel / Romane Meurs / René Dreos / Kate M O'Connor / Angus McMillan / Jeffrey W Bode / Volker Thiel / David ...著者: Pramod R Bhatt / Alain Scaiola / Gary Loughran / Marc Leibundgut / Annika Kratzel / Romane Meurs / René Dreos / Kate M O'Connor / Angus McMillan / Jeffrey W Bode / Volker Thiel / David Gatfield / John F Atkins / Nenad Ban / ![]() ![]() ![]() 要旨: Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent ...Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent RNA polymerase and downstream proteins. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a translating mammalian ribosome primed for frameshifting on the viral RNA. The viral RNA adopts a pseudoknot structure that lodges at the entry to the ribosomal messenger RNA (mRNA) channel to generate tension in the mRNA and promote frameshifting, whereas the nascent viral polyprotein forms distinct interactions with the ribosomal tunnel. Biochemical experiments validate the structural observations and reveal mechanistic and regulatory features that influence frameshifting efficiency. Finally, we compare compounds previously shown to reduce frameshifting with respect to their ability to inhibit SARS-CoV-2 replication, establishing coronavirus frameshifting as a target for antiviral intervention. | ||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 532.8 KB | 表示 | |
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アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 A2AHAIATB5B7B8
#1: RNA鎖 | 分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 69683.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: GenBank: NC_045512.2 |
#10: RNA鎖 | 分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: RNA鎖 | 分子量: 27761.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: RNA鎖 | 分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCN01009604.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: RNA鎖 | 分子量: 38346.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCM01014045.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: RNA鎖 | 分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCN01009604.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 AAADAZAaAcAfAgAhAkAlAnAoAqArAtAwAxAy
#2: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1T8A2 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TLT8 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SS70 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TNM3 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
#18: タンパク質 | 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank XP_002708126.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank NP_001272763.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_017201844.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TRM4 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SFR8 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1T1F0 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1U0Q2 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TU13 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TPG3 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SIZ2 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SZ47 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry A0A5F9CBF4 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TDB3 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+Ribosomal protein ... , 29種, 29分子 ABACAEAbAdAeAiAjApAsAuAvBABBBFBGBJBLBMBNBOBQBSBUBVBYBjBrBt
+タンパク質 , 22種, 22分子 AFAGAmBDBKBPBTBWBXBcBdBeBfBhBkBlBoBpBsBvByBz
-60S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 AzBCBEBHBIBRBZBaBbBgBiBm
#38: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry A0A087WNH4 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#44: タンパク質 | 分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SVW5 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_017205046.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SWI6 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry B7NZQ2 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#59: タンパク質 | 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry DN889037.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: G1TXF6 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#68: タンパク質 | 分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SNY0 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#69: タンパク質 | 分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1SGR6 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#74: タンパク質 | 分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry G1TXG5 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#76: タンパク質 | 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002708713.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#80: タンパク質 | 分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry DN885652.1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 7種, 2478分子 ![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#89: 化合物 | ChemComp-SPD / | ||||||||||
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#90: 化合物 | ChemComp-MG / #91: 化合物 | ChemComp-UNX / #92: 化合物 | ChemComp-ZN / #93: 化合物 | ChemComp-GTP / | #94: 化合物 | #95: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 56604 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55057 / 対称性のタイプ: POINT |