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- PDB-7nsg: Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nsg
タイトルStructure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with HIP-B
要素Excitatory amino acid transporter 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GLUTAMATE / ASPARTATE TRANSPORTER / CYSTEINE / INHIBITOR COMPLEX / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / response to decreased oxygen levels / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / cellular response to ammonium ion / righting reflex / zinc ion transmembrane transport / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transporter activity / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / monoatomic anion channel activity / L-glutamate import across plasma membrane / proximal dendrite / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / blood vessel morphogenesis / cellular response to cocaine / chloride transmembrane transporter activity / motor neuron apoptotic process / glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / response to morphine / response to anesthetic / superoxide metabolic process / neurotransmitter transport / heart contraction / maintenance of blood-brain barrier / perisynaptic space / dopamine metabolic process / motor behavior / adult behavior / asymmetric synapse / conditioned place preference / glial cell projection / behavioral fear response / synaptic cleft / response to axon injury / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of heart rate / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / neurogenesis / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / synapse organization / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / long-term synaptic potentiation / recycling endosome membrane / cytokine-mediated signaling pathway / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / perikaryon / chemical synaptic transmission / gene expression / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / : / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-UR5 / Chem-UR8 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. ...Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Han, S. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with HIP-B
著者: Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Shrestha, L. / ...著者: Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Han, S. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12566
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 3
B: Excitatory amino acid transporter 3
C: Excitatory amino acid transporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,10427
ポリマ－159,7593
非ポリマー14,34524
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area19400 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area56200 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 3 / Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent ...Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 3 / Solute carrier family 1 member 1


分子量: 53252.867 Da / 分子数: 3 / 変異: S42R, L92V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): 9 / 参照: UniProt: P43005
#2: 化合物 ChemComp-UR5 / (+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid / (3~{a}~{S},6~{S},6~{a}~{S})-3-oxidanylidene-4,5,6,6~{a}-tetrahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-d][1,2]oxazole-6-carboxylic acid / (3aS)-3-ヒドロキシ-3aα,4,6,6aα-テトラヒドロ-5H-ピロロ[3,4-d]イソオキサゾ-ル-6α-カ(以下略)


分子量: 172.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UR8 / (-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid / (3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-3-oxidanylidene-4,5,6,6~{a}-tetrahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-d][1,2]oxazole-6-carboxylic acid / (3aR)-3-ヒドロキシ-4,5,6,6aβ-テトラヒドロ-3aβH-ピロロ[3,4-d]イソオキサゾ-ル-6β-カ(以下略)


分子量: 172.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#5: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhibitor HIP-B
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: 9
緩衝液pH: 7.5
詳細: Solutions were made fresh from pre-made, sterile filtered stocks.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)HEPES1
30.003 %lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
40.0003 %cholesteryl hemisuccinateCHS1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample after SEC
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot time 4s Blot force -15 sample volume 3 uL

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4947
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択Template based picking using Gautomatch
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1169680
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127936 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: MODEL REFINED USING NCS CONSTRAINTS AND ROTAMER, CBETA, SECONDARY STRUCTURE AND RAMACHANDARN RESTRAINTS AGAINST RELION POST-PROCESSED B-FACTOR SHARPENED (-118A**2) 3.34A FILTERED MAP
原子モデル構築PDB-ID: 6S3Q

6s3q


PDB chain-ID: A / Accession code: 6S3Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 49.47 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007610497
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.882214175
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05091761
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00681692
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.88054035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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