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- PDB-7ni4: Human ATM kinase domain with bound M4076 inhibitor -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7ni4
タイトルHuman ATM kinase domain with bound M4076 inhibitor
要素Serine-protein kinase ATM
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / inhibitor / DNA damage response / cancer research
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cellular response to nitrosative stress / establishment of protein-containing complex localization to telomere / regulation of microglial cell activation / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening ...positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cellular response to nitrosative stress / establishment of protein-containing complex localization to telomere / regulation of microglial cell activation / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / meiotic telomere clustering / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / male meiotic nuclear division / histone mRNA catabolic process / pre-B cell allelic exclusion / female meiotic nuclear division / pexophagy / cellular response to X-ray / regulation of telomere maintenance via telomerase / peptidyl-serine autophosphorylation / lipoprotein catabolic process / V(D)J recombination / oocyte development / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / reciprocal meiotic recombination / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / response to ionizing radiation / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of B cell proliferation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / peroxisomal matrix / positive regulation of cell adhesion / replicative senescence / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / signal transduction in response to DNA damage / somitogenesis / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / ovarian follicle development / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Pexophagy / telomere maintenance / post-embryonic development / thymus development / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Stabilization of p53 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / multicellular organism growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / brain development / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / Meiotic recombination / cellular response to reactive oxygen species / spindle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular senescence / double-strand break repair / positive regulation of neuron apoptotic process / Regulation of TP53 Degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / heart development / Processing of DNA double-strand break ends / cytoplasmic vesicle / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / response to hypoxia / regulation of cell cycle / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UGK / Serine-protein kinase ATM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stakyte, K. / Rotheneder, M.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC1054 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
Leibniz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of human ATM kinase inhibition.
著者: K Stakyte / M Rotheneder / K Lammens / J D Bartho / U Grädler / T Fuchß / U Pehl / A Alt / E van de Logt / K P Hopfner /
要旨: Human checkpoint kinase ataxia telangiectasia-mutated (ATM) plays a key role in initiation of the DNA damage response following DNA double-strand breaks. ATM inhibition is a promising approach in ...Human checkpoint kinase ataxia telangiectasia-mutated (ATM) plays a key role in initiation of the DNA damage response following DNA double-strand breaks. ATM inhibition is a promising approach in cancer therapy, but, so far, detailed insights into the binding modes of known ATM inhibitors have been hampered due to the lack of high-resolution ATM structures. Using cryo-EM, we have determined the structure of human ATM to an overall resolution sufficient to build a near-complete atomic model and identify two hitherto unknown zinc-binding motifs. We determined the structure of the kinase domain bound to ATPγS and to the ATM inhibitors KU-55933 and M4076 at 2.8 Å, 2.8 Å and 3.0 Å resolution, respectively. The mode of action and selectivity of the ATM inhibitors can be explained by structural comparison and provide a framework for structure-based drug design.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 2.02021年11月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_entity_assembly / em_imaging / em_map / em_software / pdbx_chem_comp_depositor_info / pdbx_chem_comp_instance_depositor_info / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_depui_status_flags / pdbx_depui_upload / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / refine / refine_ls_restr
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.assembly_id / _em_imaging.detector_id / _em_imaging.sample_support_id / _em_imaging.scans_id / _em_map.file / _em_software.category / _pdbx_chem_comp_depositor_info.comp_id / _pdbx_chem_comp_depositor_info.formula / _pdbx_chem_comp_depositor_info.name / _pdbx_chem_comp_instance_depositor_info.auth_seq_id / _pdbx_chem_comp_instance_depositor_info.comp_id / _pdbx_chem_comp_instance_depositor_info.formula / _pdbx_database_status.date_accepted_terms_and_conditions / _pdbx_database_status.date_author_approval / _pdbx_depui_status_flags.is_grant_funded / _pdbx_depui_status_flags.post_rel_replacement_reason / _pdbx_depui_upload.file_name / _pdbx_depui_upload.file_size / _pdbx_depui_upload.file_type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-protein kinase ATM
B: Serine-protein kinase ATM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,2836
ポリマ－702,2552
非ポリマー1,0284
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7150 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area125130 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Serine-protein kinase ATM / Ataxia telangiectasia mutated / A-T mutated


分子量: 351127.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13315, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UGK / 8-(1,3-dimethylpyrazol-4-yl)-1-(3-fluoranyl-5-methoxy-pyridin-4-yl)-7-methoxy-3-methyl-imidazo[4,5-c]quinolin-2-one


分子量: 448.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ATM dimer with bound KU-55933 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 455866 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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