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万見
- PDB-7nhq: Structure of PSII-I prime (PSII with Psb28, and Psb34) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nhq
タイトルStructure of PSII-I prime (PSII with Psb28, and Psb34)
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • Tsl0063 protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Membrane Protein Biogenesis Assembly Factors Photosystem II
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM ...: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II protein D1 1 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II assembly factor Psb28 protein / Photosystem II assembly protein Psb34 / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zabret, J. / Bohn, S. / Schuller, S.K. / Arnolds, O. / Chan, A. / Tajkhorshid, E. / Stoll, R. / Engel, B.D. / Rudack, T. / Schuller, J.M. / Nowaczyk, M.M.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)836/3-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)836/4-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3364/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural insights into photosystem II assembly.
著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja ...著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja Krieger-Liszkay / Benjamin D Engel / Till Rudack / Jan M Schuller / Marc M Nowaczyk /
要旨: Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. ...Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. Using cryo-electron microscopy, we solved the structure of such a PSII assembly intermediate from Thermosynechococcus elongatus at 2.94 Å resolution. It contains three assembly factors (Psb27, Psb28 and Psb34) and provides detailed insights into their molecular function. Binding of Psb28 induces large conformational changes at the PSII acceptor side, which distort the binding pocket of the mobile quinone (Q) and replace the bicarbonate ligand of non-haem iron with glutamate, a structural motif found in reaction centres of non-oxygenic photosynthetic bacteria. These results reveal mechanisms that protect PSII from damage during biogenesis until water splitting is activated. Our structure further demonstrates how the PSII active site is prepared for the incorporation of the MnCaO cluster, which performs the unique water-splitting reaction.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月1日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12337
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
T: Photosystem II reaction center protein T
X: Photosystem II reaction center X protein
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Z: Photosystem II reaction center protein Z
2: Photosystem II reaction center Psb28 protein
3: Tsl0063 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,08877
ポリマ－264,96017
非ポリマー46,12860
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area142210 Å2
ΔGint-1146 kcal/mol
Surface area83670 Å2

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要素

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Photosystem II ... , 14種, 14分子 ABCDHIKLMTXyZ2

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 1 / PSII D1 protein 1 / Photosystem II Q(B) protein 1


分子量: 39762.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: P0A444, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50287.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem II Q(A) protein


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7358.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5028.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1K9
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN8
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3981.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHA7
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ0
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4322.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1R6
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 5039.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJI1
#15: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHJ2
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center Psb28 protein / Photosystem II 13 kDa protein / Photosystem II reaction center W protein


分子量: 13188.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DLJ8

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Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN9

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タンパク質 , 1種, 1分子 3

#17: タンパク質 Tsl0063 protein


分子量: 5943.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DMP8

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非ポリマー , 10種, 60分子

#18: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#19: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#20: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#21: 化合物 ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#24: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#27: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII-I prime / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91479 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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