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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nhp | ||||||||||||
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タイトル | Structure of PSII-I (PSII with Psb27, Psb28, and Psb34) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Membrane Protein Biogenesis Assembly Factors Photosystem II | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II repair / thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...photosystem II repair / thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zabret, J. / Bohn, S. / Schuller, S.K. / Arnolds, O. / Chan, A. / Tajkhorshid, E. / Stoll, R. / Engel, B.D. / Rudack, T. / Schuller, J.M. / Nowaczyk, M.M. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Structural insights into photosystem II assembly. 著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja ...著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja Krieger-Liszkay / Benjamin D Engel / Till Rudack / Jan M Schuller / Marc M Nowaczyk / 要旨: Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. ...Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. Using cryo-electron microscopy, we solved the structure of such a PSII assembly intermediate from Thermosynechococcus elongatus at 2.94 Å resolution. It contains three assembly factors (Psb27, Psb28 and Psb34) and provides detailed insights into their molecular function. Binding of Psb28 induces large conformational changes at the PSII acceptor side, which distort the binding pocket of the mobile quinone (Q) and replace the bicarbonate ligand of non-haem iron with glutamate, a structural motif found in reaction centres of non-oxygenic photosynthetic bacteria. These results reveal mechanisms that protect PSII from damage during biogenesis until water splitting is activated. Our structure further demonstrates how the PSII active site is prepared for the incorporation of the MnCaO cluster, which performs the unique water-splitting reaction. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nhp.cif.gz | 491.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nhp.ent.gz | 412.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nhp_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nhp_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nhp_validation.xml.gz | 99 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nhp_validation.cif.gz | 132.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nhp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 15種, 15分子 ABCDHIKLMTXyZ12
#1: タンパク質 | 分子量: 39762.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A444, photosystem II |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIQ1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIF8 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II |
#7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DJ43 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DJZ6 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q9F1K9 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIN8 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DHA7 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIQ0 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q9F1R6 |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DJI1 |
#15: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DHJ2 |
#16: タンパク質 | 分子量: 15120.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DG60 |
#17: タンパク質 | 分子量: 13188.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DLJ8 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIP0 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIN9 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 3
#18: タンパク質 | 分子量: 5943.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DMP8 |
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-非ポリマー , 10種, 60分子
#19: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||||||||||||
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#20: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||||||||
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CLA / #23: 化合物 | ChemComp-BCR / #24: 化合物 | ChemComp-LHG / | #25: 化合物 | ChemComp-LMG / #26: 化合物 | ChemComp-FE / | #27: 化合物 | ChemComp-PL9 / | #28: 化合物 | ChemComp-HEM / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PsII-I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57268 / 対称性のタイプ: POINT |