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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nf8 | |||||||||
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タイトル | Ovine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, asymmetric unit, rigid-body fitted | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLOCASE / Transporter / Cystinuria / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan 1,4-alpha-maltotriohydrolase activity / oligo-1,6-glucosidase activity / maltose catabolic process / : / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / alpha-amylase activity / amino acid transport / transmembrane transporter activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, Y. / Kuehlbrandt, W. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Ca-mediated higher-order assembly of heterodimers in amino acid transport system b biogenesis and cystinuria. 著者: Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Pornparn Kongpracha / Satomi Moriyama / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Shushi Nagamori / 要旨: Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT ...Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT and the amino acid transporter bAT, which constitute system b, are linked to type I and non-type I cystinuria respectively and they exhibit distinct phenotypes due to protein trafficking defects or catalytic inactivation. Here, using electron cryo-microscopy and biochemistry, we discover that Ca mediates higher-order assembly of system b. Ca stabilizes the interface between two rBAT molecules, leading to super-dimerization of bAT-rBAT, which in turn facilitates N-glycan maturation and protein trafficking. A cystinuria mutant T216M and mutations of the Ca site of rBAT cause the loss of higher-order assemblies, resulting in protein trapping at the ER and the loss of function. These results provide the molecular basis of system b biogenesis and type I cystinuria and serve as a guide to develop new therapeutic strategies against it. More broadly, our findings reveal an unprecedented link between transporter oligomeric assembly and protein-trafficking diseases. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Ca 2+ -mediated higher-order assembly of b 0,+ AT-rBAT is a key step for system b 0,+ biogenesis and cystinuria 著者: Lee, Y. / Wiriyasermkul, P. / Moriyama, S. / Mills, D.J. / Kuhlbrandt, W. / Nagamori, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nf8.cif.gz | 204.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nf8.ent.gz | 166.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nf8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nf8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 56318.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: SLC7A9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6P3EL78 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 78754.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: SLC3A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6P7DVK7 |
-糖 , 2種, 6分子
#3: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 4分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LBN / | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 270 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 581697 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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