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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n4y | |||||||||
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タイトル | The structure of bovine thyroglobulin with iodinated tyrosines | |||||||||
要素 | Thyroglobulin | |||||||||
キーワード | HORMONE / thyroid hormone synthesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone biosynthetic process / iodide transport / thyroid hormone generation / regulation of myelination / thyroid gland development / hormone activity / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, K. / Clarke, O.B. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: The structure of natively iodinated bovine thyroglobulin. 著者: Kookjoo Kim / Mykhailo Kopylov / Daija Bobe / Kotaro Kelley / Edward T Eng / Peter Arvan / Oliver B Clarke / 要旨: Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues ...Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues within the protein become iodinated to produce monoiodotyrosine (MIT) and diiodotyrosine (DIT). A subset of evolutionarily conserved pairs of DIT (and MIT) residues can then engage in oxidative coupling reactions that yield either thyroxine (T; produced from coupling of a DIT `acceptor' with a DIT `donor') or triiodothyronine (T; produced from coupling of a DIT acceptor with an MIT donor). Although multiple iodotyrosine residues have been identified as potential donors and acceptors, the specificity and structural context of the pairings (i.e. which donor is paired with which acceptor) have remained unclear. Here, single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) was used to generate a high-resolution reconstruction of bovine thyroglobulin (2.3 Å resolution in the core region and 2.6 Å overall), allowing the structural characterization of two post-reaction acceptor-donor pairs as well as tyrosine residues modified as MIT and DIT. A substantial spatial separation between donor Tyr149 and acceptor Tyr24 was observed, suggesting that for thyroxine synthesis significant peptide motion is required for coupling at the evolutionarily conserved thyroglobulin amino-terminus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n4y.cif.gz | 856.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n4y.ent.gz | 685.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n4y_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n4y_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n4y_validation.xml.gz | 131.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n4y_validation.cif.gz | 207.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24181MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10833 (タイトル: The structure of natively iodinated bovine thyroglobulin Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of bovine thyroglobulin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 310分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 303087.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) / 参照: UniProt: A0A4W2CHS8 #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-糖 , 4種, 18分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.66 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 71.32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 554053 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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