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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mr2 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RecBCD with undocked RecBNuc and flexible RecD | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SF1 helicase / complex / DNA repair (DNA修復) / motor protein (モータータンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RecBCD / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / clearance of foreign intracellular DNA / DNA 3'-5' helicase / DNA translocase activity / 相同組換え / single-stranded DNA helicase activity / 3'-5' DNA helicase activity ...RecBCD / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / clearance of foreign intracellular DNA / DNA 3'-5' helicase / DNA translocase activity / 相同組換え / single-stranded DNA helicase activity / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / helicase activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / DNA recombination / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Hao, L. / Zhang, R. / Lohman, T.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Heterogeneity in E. coli RecBCD Helicase-DNA Binding and Base Pair Melting. 著者: Linxuan Hao / Rui Zhang / Timothy M Lohman / 要旨: E. coli RecBCD, a helicase/nuclease involved in double stranded (ds) DNA break repair, binds to a dsDNA end and melts out several DNA base pairs (bp) using only its binding free energy. We examined ...E. coli RecBCD, a helicase/nuclease involved in double stranded (ds) DNA break repair, binds to a dsDNA end and melts out several DNA base pairs (bp) using only its binding free energy. We examined RecBCD-DNA initiation complexes using thermodynamic and structural approaches. Measurements of enthalpy changes for RecBCD binding to DNA ends possessing pre-melted ssDNA tails of increasing length suggest that RecBCD interacts with ssDNA as long as 17-18 nucleotides and can melt at least 10-11 bp upon binding a blunt DNA end. Cryo-EM structures of RecBCD alone and in complex with a blunt-ended dsDNA show significant conformational heterogeneities associated with the RecB nuclease domain (RecB) and the RecD subunit. In the absence of DNA, 56% of RecBCD molecules show no density for the RecB nuclease domain, RecB, and all RecBCD molecules show only partial density for RecD. DNA binding reduces these conformational heterogeneities, with 63% of the molecules showing density for both RecD and RecB. This suggests that the RecB domain is dynamic and influenced by DNA binding. The major RecBCD-DNA structural class in which RecB is docked onto RecC shows melting of at least 11 bp from a blunt DNA end, much larger than previously observed. A second structural class in which RecB is not docked shows only four bp melted suggesting that RecBCD complexes transition between states with different extents of DNA melting and that the extent of melting regulates initiation of helicase activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mr2.cif.gz | 391.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mr2.ent.gz | 305.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 134110.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recB, ior, rorA, b2820, JW2788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08394, RecBCD |
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#2: タンパク質 | 分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, RecBCD |
#3: タンパク質 | 分子量: 66990.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recD, hopE, b2819, JW2787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04993, RecBCD |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heterotrimeric complex of RecBCD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm |
撮影 | 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48007 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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