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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ml3 | ||||||||||||||||||
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タイトル | General transcription factor TFIIH (weak binding) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / PIC / TFIIH / ITC / RNA polymerase II | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIH core complex ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / DNA duplex unwinding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / 3'-5' DNA helicase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ATPase activator activity / Dual incision in TC-NER / DNA helicase activity / isomerase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / double-stranded DNA binding / DNA helicase / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Yang, C. / Fujiwara, R. / Kim, H.J. / Gorbea Colon, J.J. / Steimle, S. / Garcia, B.A. / Murakami, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II. 著者: Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami / 要旨: Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ml3.cif.gz | 551.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ml3.ent.gz | 423.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ml3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ml3_validation.pdf.gz | 865.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ml3_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ml3_validation.xml.gz | 132.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ml3_validation.cif.gz | 191.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7ml3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7ml3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 23907MC 7meiC 7mk9C 7mkaC 7ml0C 7ml1C 7ml2C 7ml4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10865 (タイトル: Structural visualization of de novo initiation of RNA polymerase II transcription Data size: 14.3 TB Data #1: raw micrographs for PIC + ITC maps [micrographs - multiframe] Data #2: raw micrographs for EC+EC map [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 3216
#1: タンパク質 | 分子量: 38188.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9BTI9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2X3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 58167.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
#6: タンパク質 | 分子量: 52024.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9FQL5 |
-General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 07
#3: タンパク質 | 分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1C1, DNA helicase |
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#8: タンパク質 | 分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase |
-General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 2種, 2分子 45
#5: タンパク質 | 分子量: 37430.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9C5C2 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#9: DNA鎖 | 分子量: 9348.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#10: DNA鎖 | 分子量: 9094.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-非ポリマー , 2種, 8分子
#11: 化合物 | ChemComp-ZN / #12: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: General transcription factor TFIIH (weak binding) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101497 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OQJ |