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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ly4 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the elongation module of the bacillamide NRPS, BmdB, in complex with the oxidase, BmdC | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Nonribosomal peptide synthetases Oxidase Bacillamide synthetases | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN MONONUCLEOTIDE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sharon, I. / Fortinez, C.M. / Schmeing, T.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures and function of a tailoring oxidase in complex with a nonribosomal peptide synthetase module. 著者: Camille Marie Fortinez / Kristjan Bloudoff / Connor Harrigan / Itai Sharon / Mike Strauss / T Martin Schmeing / 要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are large modular enzymes that synthesize secondary metabolites and natural product therapeutics. Most NRPS biosynthetic pathways include an NRPS and ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are large modular enzymes that synthesize secondary metabolites and natural product therapeutics. Most NRPS biosynthetic pathways include an NRPS and additional proteins that introduce chemical modifications before, during or after assembly-line synthesis. The bacillamide biosynthetic pathway is a common, three-protein system, with a decarboxylase that prepares an NRPS substrate, an NRPS, and an oxidase. Here, the pathway is reconstituted in vitro. The oxidase is shown to perform dehydrogenation of the thiazoline in the peptide intermediate while it is covalently attached to the NRPS, as the penultimate step in bacillamide D synthesis. Structural analysis of the oxidase reveals a dimeric, two-lobed architecture with a remnant RiPP recognition element and a dramatic wrapping loop. The oxidase forms a stable complex with the NRPS and dimerizes it. We visualized co-complexes of the oxidase bound to the elongation module of the NRPS using X-ray crystallography and cryo-EM. The three active sites (for adenylation, condensation/cyclization, and oxidation) form an elegant arc to facilitate substrate delivery. The structures enabled a proof-of-principle bioengineering experiment in which the BmdC oxidase domain is embedded into the NRPS. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ly4.cif.gz | 309.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ly4.ent.gz | 244.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ly4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ly4_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ly4_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ly4_validation.xml.gz | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ly4_validation.cif.gz | 90.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38177.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質 | | 分子量: 117373.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Elongation module of the bacillamide NRPS, BmdB, in complex with the oxidase, BmdC タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 109 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122038 / 対称性のタイプ: POINT |