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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lkp | |||||||||
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タイトル | Structure of ATP-free human ABCA4 | |||||||||
![]() | Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4 | |||||||||
![]() | TRANSLOCASE / ABC transporter / importer / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() rod photoreceptor disc membrane / flippase activity / N-retinylidene-phosphatidylethanolamine flippase activity / all-trans retinal binding / phospholipid transfer to membrane / retinol transmembrane transporter activity / phospholipid transporter activity / 11-cis retinal binding / retinal metabolic process / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity ...rod photoreceptor disc membrane / flippase activity / N-retinylidene-phosphatidylethanolamine flippase activity / all-trans retinal binding / phospholipid transfer to membrane / retinol transmembrane transporter activity / phospholipid transporter activity / 11-cis retinal binding / retinal metabolic process / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phototransduction, visible light / retinoid binding / photoreceptor cell maintenance / P-type phospholipid transporter / lipid transport / phospholipid translocation / retinoid metabolic process / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / photoreceptor outer segment / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / visual perception / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / photoreceptor disc membrane / cytoplasmic vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | |||||||||
![]() | Liu, F. / Lee, J. / Chen, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular structures of the eukaryotic retinal importer ABCA4. 著者: Fangyu Liu / James Lee / Jue Chen / ![]() 要旨: The ATP-binding cassette (ABC) transporter family contains thousands of members with diverse functions. Movement of the substrate, powered by ATP hydrolysis, can be outward (export) or inward (import) ...The ATP-binding cassette (ABC) transporter family contains thousands of members with diverse functions. Movement of the substrate, powered by ATP hydrolysis, can be outward (export) or inward (import). ABCA4 is a eukaryotic importer transporting retinal to the cytosol to enter the visual cycle. It also removes toxic retinoids from the disc lumen. Mutations in ABCA4 cause impaired vision or blindness. Despite decades of clinical, biochemical, and animal model studies, the molecular mechanism of ABCA4 is unknown. Here, we report the structures of human ABCA4 in two conformations. In the absence of ATP, ABCA4 adopts an outward-facing conformation, poised to recruit substrate. The presence of ATP induces large conformational changes that could lead to substrate release. These structures provide a molecular basis to understand many disease-causing mutations and a rational guide for new experiments to uncover how ABCA4 recruits, flips, and releases retinoids. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 364.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23409MC ![]() 7lkzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.9 TB Data #1: Unaligned and uncorrected multiframe movies of human ATP-free ABCA4 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 256202.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 15分子 ![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/POV.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
![](data/chem/img/POV.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CLR / #6: 化合物 | ChemComp-POV / ( #7: 化合物 | ChemComp-AJP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ABCA4 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320102 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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