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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lb8 | |||||||||
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タイトル | Structure of a ferrichrome importer FhuCDB from E. coli | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC importer / siderophore / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type ferric hydroxamate transporter / ABC-type ferric hydroxamate transporter activity / iron ion import across plasma membrane / siderophore-dependent iron import into cell / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu, W. / Zheng, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM reveals unique structural features of the FhuCDB Escherichia coli ferrichrome importer. 著者: Wenxin Hu / Hongjin Zheng / 要旨: As one of the most elegant biological processes developed in bacteria, the siderophore-mediated iron uptake demands the action of specific ATP-binding cassette (ABC) importers. Although extensive ...As one of the most elegant biological processes developed in bacteria, the siderophore-mediated iron uptake demands the action of specific ATP-binding cassette (ABC) importers. Although extensive studies have been done on various ABC importers, the molecular basis of these iron-chelated-siderophore importers are still not fully understood. Here, we report the structure of a ferrichrome importer FhuCDB from Escherichia coli at 3.4 Å resolution determined by cryo electron microscopy. The structure revealed a monomeric membrane subunit of FhuB with a substrate translocation pathway in the middle. In the pathway, there were unique arrangements of residues, especially layers of methionines. Important residues found in the structure were interrogated by mutagenesis and functional studies. Surprisingly, the importer's ATPase activity was decreased upon FhuD binding, which deviated from the current understanding about bacterial ABC importers. In summary, to the best of our knowledge, these studies not only reveal a new structural twist in the type II ABC importer subfamily, but also provide biological insights in the transport of iron-chelated siderophores. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lb8.cif.gz | 241.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lb8.ent.gz | 190.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lb8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lb8_validation.pdf.gz | 946.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lb8_full_validation.pdf.gz | 964.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lb8_validation.xml.gz | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lb8_validation.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lb8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71574.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fhuB, b0153, JW0149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06972 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33030.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fhuD, b0152, JW0148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07822 |
#3: タンパク質 | 分子量: 28921.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fhuC, b0151, JW0147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07821, ABC-type ferric hydroxamate transporter |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: holocomplex of ferrichrome importer FhuCDB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128131 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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