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- PDB-4c8q: Crystal structure of the yeast Lsm1-7-Pat1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8q
タイトルCrystal structure of the yeast Lsm1-7-Pat1 complex
要素
  • (U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN ...) x 6
  • DNA TOPOISOMERASE 2-ASSOCIATED PROTEIN PAT1
  • SM-LIKE PROTEIN LSM1
キーワードTRANSCRIPTION / MRNA DECAPPING / SM FOLD / MRNA DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / formation of translation preinitiation complex / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / formation of translation preinitiation complex / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of translational initiation / tRNA processing / U2-type prespliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / precatalytic spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / negative regulation of translational initiation / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA processing / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / ribonucleoprotein complex / cell cycle / cell division / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm1 / mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 ...Sm-like protein Lsm1 / mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Deadenylation-dependent mRNA-decapping factor PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein LSm1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.698 Å
データ登録者Sharif, H. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2013
タイトル: Architecture of the Lsm1-7-Pat1 Complex: A Conserved Assembly in Eukaryotic Mrna Turnover
著者: Sharif, H. / Conti, E.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SM-LIKE PROTEIN LSM1
B: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM2
C: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM3
D: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM4
E: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM5
F: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM6
G: U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM7
H: DNA TOPOISOMERASE 2-ASSOCIATED PROTEIN PAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,14610
ポリマ－118,0298
非ポリマー1182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13930 Å2
ΔGint-95.1 kcal/mol
Surface area49770 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)258.687, 258.687, 47.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質 SM-LIKE PROTEIN LSM1 / SPB8 PROTEIN / LSM1


分子量: 11935.651 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 45-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P47017
#8: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE 2-ASSOCIATED PROTEIN PAT1 / DECAPPING ACTIVATOR AND TRANSLATIONAL REPRESSOR PAT1 / TOPOISOMERASE II-ASSOCIATED PROTEIN PAT1 / ...DECAPPING ACTIVATOR AND TRANSLATIONAL REPRESSOR PAT1 / TOPOISOMERASE II-ASSOCIATED PROTEIN PAT1 / MRNA TURNOVER PROTEIN 1 / PAT 1


分子量: 37934.699 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 456-783 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25644

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U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN ... , 6種, 6分子 BCDEFG

#2: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM2 / SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN D HOMOLOG SNP3 / LSM2


分子量: 12216.880 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM3 / SMX4 PROTEIN / LSM3


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-89 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#4: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM4 / LSM4


分子量: 13035.543 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070
#5: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM5 / LSM5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089
#6: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM6 / LSM6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-86 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406
#7: タンパク質 U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM7 / LSM7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-115 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905

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非ポリマー , 1種, 2分子

#9: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 % / 解説: CHIMERIC MODEL WAS MADE FOR MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化詳細: 100 MM HEPES PH 7.0, 20% MPD, 10 MM HEXAMINE COBALT(III) CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→84.68 Å / Num. obs: 36441 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 133.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C92

4c92


解像度: 3.698→43.42 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 39.43 / 位相誤差: 31.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 1813 5 %
Rwork0.249 --
obs0.2513 36400 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 129.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.698→43.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6278 0 2 0 6280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5338638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4292143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6983-3.79830.46361190.38912261X-RAY DIFFRACTION82
3.7983-3.910.33311400.34922583X-RAY DIFFRACTION92
3.91-4.03610.33951390.32422663X-RAY DIFFRACTION99
4.0361-4.18020.31511430.28452712X-RAY DIFFRACTION99
4.1802-4.34740.31241440.25492730X-RAY DIFFRACTION99
4.3474-4.54510.2811480.23282711X-RAY DIFFRACTION99
4.5451-4.78440.25361470.20662764X-RAY DIFFRACTION99
4.7844-5.08380.2921440.21512706X-RAY DIFFRACTION99
5.0838-5.47560.30151360.2552733X-RAY DIFFRACTION99
5.4756-6.02530.3591490.28442766X-RAY DIFFRACTION99
6.0253-6.89420.29721400.29462708X-RAY DIFFRACTION99
6.8942-8.67460.26651390.23842657X-RAY DIFFRACTION97
8.6746-43.42320.26651250.2072593X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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