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万見
- PDB-7kwg: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kwg
タイトルStaphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • 16S ribosomal RNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Pathogen / small ribosomal subunit / spermidine
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Belinite, M. / Khusainov, I. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupov, M. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-0036 NETRNA フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0007-01 フランス
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in .
著者: Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem /
要旨: Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44.
履歴
登録2020年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23052
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)788,85421
ポリマ－788,85421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 Aa

#1: RNA鎖 mRNA


分子量: 10392.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 503218.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#3: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FZ25
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW12
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FXK6
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW23
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G113
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: P48940
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW20
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW39
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: A0A380EDM5, UniProt: Q931G5*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW31
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: P0A0H0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW30
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW19
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G2Q1
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FZ45
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW15
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G111
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW10
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FXY6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: Gctf / バージョン: 1.06 / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 529602 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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