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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k00 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Bacterial Ribosome at 2 Angstrom Resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotics / post-translational modifications / post-transcriptional modifications | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding ...positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Watson, Z.L. / Ward, F.R. / Meheust, R. / Ad, O. / Schepartz, A. / Banfield, J.F. / Cate, J.H.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the bacterial ribosome at 2 Å resolution. 著者: Zoe L Watson / Fred R Ward / Raphaël Méheust / Omer Ad / Alanna Schepartz / Jillian F Banfield / Jamie Hd Cate / 要旨: Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the structure of the 70S ribosome with a global resolution of 2.0 Å. The maps reveal unambiguous positioning of protein and RNA residues, ...Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the structure of the 70S ribosome with a global resolution of 2.0 Å. The maps reveal unambiguous positioning of protein and RNA residues, their detailed chemical interactions, and chemical modifications. Notable features include the first examples of isopeptide and thioamide backbone substitutions in ribosomal proteins, the former likely conserved in all domains of life. The maps also reveal extensive solvation of the small (30S) ribosomal subunit, and interactions with A-site and P-site tRNAs, mRNA, and the antibiotic paromomycin. The maps and models of the bacterial ribosome presented here now allow a deeper phylogenetic analysis of ribosomal components including structural conservation to the level of solvation. The high quality of the maps should enable future structural analyses of the chemical basis for translation and aid the development of robust tools for cryo-EM structure modeling and refinement. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k00.cif.gz | 3.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k00.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7k00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k00_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k00_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7k00_validation.xml.gz | 200.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k00_validation.cif.gz | 390.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k00 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22586MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10509 (タイトル: Structure of the Bacterial Ribosome at 2 Å Resolution Data size: 2.1 TB Data #1: Unaligned movies of 70S ribosome complex 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movies of 70S ribosome complex 2 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 AabXYZ5
#1: RNA鎖 | 分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1273279017 |
#53: RNA鎖 | 分子量: 9099.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#54: RNA鎖 | 分子量: 24483.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848841577 |
#55: RNA鎖 | 分子量: 24497.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848949880 |
#56: RNA鎖 | 分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZK99 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MCS9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H2 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358 |
#7: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A5Q2GFB5 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZES9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9F4 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1ELC2 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: I2UHF1 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4UQ02 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZEL4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MIU7 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G4 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9F9 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZAS2 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefghijklmnopqrstuvwxyz01234
-非ポリマー , 6種, 7577分子
#57: 化合物 | ChemComp-PAR / | ||||||||
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#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | ChemComp-SPD / #60: 化合物 | ChemComp-SPM / | #61: 化合物 | #62: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME 詳細: E. coli 70S ribosome bound to mRNA, tRNAs, and paromomycin Entity ID: #1-#56 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 307495 / 詳細: Ewald sphere corrected in RELION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YBB Accession code: 4YBB / Source name: PDB / タイプ: experimental model |