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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jsg | ||||||
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タイトル | Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD-Heptamer-ssDNA with ATPgS | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/DNA / AAV / Protein-DNA / AAA+ / SF3 / HUH / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||
データ登録者 | Escalante, C.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020 タイトル: The Cryo-EM structure of AAV2 Rep68 in complex with ssDNA reveals a malleable AAA+ machine that can switch between oligomeric states. 著者: Vishaka Santosh / Faik N Musayev / Rahul Jaiswal / Francisco Zárate-Pérez / Bram Vandewinkel / Caroline Dierckx / Molly Endicott / Kamyar Sharifi / Kelly Dryden / Els Henckaerts / Carlos R Escalante / 要旨: The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and ...The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and during the latent phase, site-specific integration. Rep proteins contain two multifunctional domains: an Origin Binding Domain (OBD) and a SF3 helicase domain (HD). Studies have shown that Rep proteins have a dynamic oligomeric behavior where the nature of the DNA substrate molecule modulates its oligomeric state. In the presence of ssDNA, Rep68 forms a large double-octameric ring complex. To understand the mechanisms underlying AAV Rep function, we investigated the cryo-EM and X-ray structures of Rep68-ssDNA complexes. Surprisingly, Rep68 generates hybrid ring structures where the OBD forms octameric rings while the HD forms heptamers. Moreover, the binding to ATPγS promotes a large conformational change in the entire AAA+ domain that leads the HD to form both heptamer and hexamers. The HD oligomerization is driven by an interdomain linker region that acts as a latch to 'catch' the neighboring HD subunit and is flexible enough to permit the formation of different stoichiometric ring structures. Overall, our studies show the structural basis of AAV Rep's structural flexibility required to fulfill its multifunctional role during the AAV life cycle. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jsg.cif.gz | 287.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jsg.ent.gz | 172 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jsg_validation.pdf.gz | 876.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jsg_full_validation.pdf.gz | 884.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jsg_validation.xml.gz | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jsg_validation.cif.gz | 69.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7jsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7jsg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60908.703 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス) 遺伝子: Rep68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P03132, DNA helicase #2: DNA鎖 | | 分子量: 5126.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT) / タイプ: COMPLEX / 詳細: Heptameric complex model of helicase domain / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.4245 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55.46 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 4555 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 294324 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78701 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |