[日本語] English
万見
- PDB-7jjo: Structural Basis of the Activation of Heterotrimeric Gs-protein b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjo
タイトルStructural Basis of the Activation of Heterotrimeric Gs-protein by Isoproterenol-bound Beta1-Adrenergic Receptor
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Beta1-Adrenergic Receptor
  • Nanobody 35
キーワードSIGNALING PROTEIN / Gs protein / GPCR-Gs complex / Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / Activation of the phototransduction cascade ...beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / D1 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / adenylate cyclase activator activity / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / early endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPRENALINE / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Beta-1 adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Lama glama (ラマ)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Su, M. / Zhu, L. / Zhang, Y. / Paknejad, N. / Dey, R. / Huang, J. / Lee, M.Y. / Williams, D. / Jordan, K.D. / Eng, E.T. ...Su, M. / Zhu, L. / Zhang, Y. / Paknejad, N. / Dey, R. / Huang, J. / Lee, M.Y. / Williams, D. / Jordan, K.D. / Eng, E.T. / Ernst, O.P. / Meyerson, J.R. / Hite, R.K. / Walz, T. / Liu, W. / Huang, X.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL130478 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of the Activation of Heterotrimeric Gs-Protein by Isoproterenol-Bound β-Adrenergic Receptor.
著者: Minfei Su / Lan Zhu / Yixiao Zhang / Navid Paknejad / Raja Dey / Jianyun Huang / Ming-Yue Lee / Dewight Williams / Kelsey D Jordan / Edward T Eng / Oliver P Ernst / Joel R Meyerson / Richard ...著者: Minfei Su / Lan Zhu / Yixiao Zhang / Navid Paknejad / Raja Dey / Jianyun Huang / Ming-Yue Lee / Dewight Williams / Kelsey D Jordan / Edward T Eng / Oliver P Ernst / Joel R Meyerson / Richard K Hite / Thomas Walz / Wei Liu / Xin-Yun Huang /
要旨: Cardiac disease remains the leading cause of morbidity and mortality worldwide. The β-adrenergic receptor (β-AR) is a major regulator of cardiac functions and is downregulated in the majority of ...Cardiac disease remains the leading cause of morbidity and mortality worldwide. The β-adrenergic receptor (β-AR) is a major regulator of cardiac functions and is downregulated in the majority of heart failure cases. A key physiological process is the activation of heterotrimeric G-protein Gs by β-ARs, leading to increased heart rate and contractility. Here, we use cryo-electron microscopy and functional studies to investigate the molecular mechanism by which β-AR activates Gs. We find that the tilting of α5-helix breaks a hydrogen bond between the sidechain of His373 in the C-terminal α5-helix and the backbone carbonyl of Arg38 in the N-terminal αN-helix of Gα. Together with the disruption of another interacting network involving Gln59 in the α1-helix, Ala352 in the β6-α5 loop, and Thr355 in the α5-helix, these conformational changes might lead to the deformation of the GDP-binding pocket. Our data provide molecular insights into the activation of G-proteins by G-protein-coupled receptors.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22357
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
N: Nanobody 35
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Beta1-Adrenergic Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1366
ポリマ－162,9255
非ポリマー2111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12030 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area44450 Å2

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BAG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37285.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 44694.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNAS, GNAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04896
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63212

-
抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 NR

#2: 抗体 Nanobody 35


分子量: 15140.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Beta1-Adrenergic Receptor


分子量: 57958.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07700*PLUS
#6: 化合物 ChemComp-5FW / ISOPRENALINE / (-)-イソプロテレノ-ル


分子量: 211.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Isoproterenol bound beta1 adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gs proteinCOMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2COMPLEX#1, #41RECOMBINANT
3Nanobody 35COMPLEX#21RECOMBINANT
4Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms shortCOMPLEX#31RECOMBINANT
5Beta1-Adrenergic ReceptorCOMPLEX#51RECOMBINANT
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23Lama glama (ラマ)9844
34Bos taurus (ウシ)9913
45Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)9103
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
45Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10cryoSPARCv2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv2最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 452312 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る