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万見
- PDB-7jic: Structure of human CD19-CD81 co-receptor complex bound to coltuxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jic
タイトルStructure of human CD19-CD81 co-receptor complex bound to coltuximab Fab fragment
要素
  • B-lymphocyte antigen CD19
  • CD81 antigen
  • Coltuximab Heavy Chain
  • Coltuximab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / tetraspanin / Fab / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell activation / positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / antigen receptor-mediated signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / B-1 B cell differentiation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus ...regulation of B cell activation / positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / antigen receptor-mediated signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / B-1 B cell differentiation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / regulation of protein stability / receptor internalization / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / MHC class II protein complex binding / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B-lymphocyte antigen CD19 / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...B-lymphocyte antigen CD19 / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD19 / CD81 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Susa, K.J. / Rawson, S. / Kruse, A.C. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL 147459 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5 OD021345 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81.
著者: Katherine J Susa / Shaun Rawson / Andrew C Kruse / Stephen C Blacklow /
要旨: Signaling through the CD19-CD81 co-receptor complex, in combination with the B cell receptor, is a critical determinant of B cell development and activation. It is unknown how CD81 engages CD19 to ...Signaling through the CD19-CD81 co-receptor complex, in combination with the B cell receptor, is a critical determinant of B cell development and activation. It is unknown how CD81 engages CD19 to enable co-receptor function. Here, we report a 3.8-angstrom structure of the CD19-CD81 complex bound to a therapeutic antigen-binding fragment, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure includes both the extracellular domains and the transmembrane helices of the complex, revealing a contact interface between the ectodomains that drives complex formation. Upon binding to CD19, CD81 opens its ectodomain to expose a hydrophobic CD19-binding surface and reorganizes its transmembrane helices to occlude a cholesterol binding pocket present in the apoprotein. Our data reveal the structural basis for CD19-CD81 complex assembly, providing a foundation for rational design of therapies for B cell dysfunction.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-lymphocyte antigen CD19
B: CD81 antigen
H: Coltuximab Heavy Chain
L: Coltuximab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5174
ポリマ－110,5174
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 B-lymphocyte antigen CD19 / B-lymphocyte surface antigen B4 / Differentiation antigen CD19 / T-cell surface antigen Leu-12


分子量: 36031.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD19 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15391
#2: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 26444.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60033
#3: 抗体 Coltuximab Heavy Chain


分子量: 24828.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFUSE / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Coltuximab Light Chain


分子量: 23211.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pd2610-v5 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 and coltuximab Fab fragmentCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3coltuximab Fab fragmentCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 0.110 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
23Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
30.05 %(w:v)glyco-diosgeninGDN1
40.005 %(w:v)Cholesteryl hemisuccinateCHS1
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Blot for 4.5-5.5 seconds with a blot force of 15-16.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18rc5_3822精密化
PHENIX1.18rc5_3822精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11cryoSPARCv2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv2分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2798945
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 244583 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16AL5

6al5

A1
25TCX

5tcx

1
36ANI

6ani

H1
46ANI

6ani

L1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 114.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00186114
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.40638354
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0379962
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311076
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.0643865

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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