+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ji0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with SHP3 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA binding transcription factor / quorum sensing / RRNPP / pheromone binding | |||||||||
機能・相同性 | HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA binding / Positive transcriptional regulator MutR family 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) Streptococcus thermophilus CNRZ1066 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Petrou, V.I. / Capodagli, G.C. / Kaelber, J.T. / Neiditch, M.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Structure-function studies of Rgg binding to pheromones and target promoters reveal a model of transcription factor interplay. 著者: Glenn C Capodagli / Kaitlyn M Tylor / Jason T Kaelber / Vasileios I Petrou / Michael J Federle / Matthew B Neiditch / 要旨: Regulator gene of glucosyltransferase (Rgg) family proteins, such as Rgg2 and Rgg3, have emerged as primary quorum-sensing regulated transcription factors in species, controlling virulence, ...Regulator gene of glucosyltransferase (Rgg) family proteins, such as Rgg2 and Rgg3, have emerged as primary quorum-sensing regulated transcription factors in species, controlling virulence, antimicrobial resistance, and biofilm formation. Rgg2 and Rgg3 function is regulated by their interaction with oligopeptide quorum-sensing signals called short hydrophobic peptides (SHPs). The molecular basis of Rgg-SHP and Rgg-target DNA promoter specificity was unknown. To close this gap, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Rgg3 bound to its quorum-sensing signal, SHP3, and the X-ray crystal structure of Rgg3 alone. Comparison of these structures with that of an Rgg in complex with cyclosporin A (CsA), an inhibitor of SHP-induced Rgg activity, reveals the molecular basis of CsA function. Furthermore, to determine how Rgg proteins recognize DNA promoters, we determined X-ray crystal structures of both Rgg2 and Rgg3 in complex with their target DNA promoters. The physiological importance of observed Rgg-DNA interactions was dissected using in vivo genetic experiments and in vitro biochemical assays. Based on these structure-function studies, we present a revised unifying model of Rgg regulatory interplay. In contrast to existing models, where Rgg2 proteins are transcriptional activators and Rgg3 proteins are transcriptional repressors, we propose that both are capable of transcriptional activation. However, when Rgg proteins with different activation requirements compete for the same DNA promoters, those with more stringent activation requirements function as repressors by blocking promoter access of SHP-bound conformationally active Rgg proteins. While a similar gene expression regulatory scenario has not been previously described, in all likelihood it is not unique to streptococci. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ji0.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ji0.ent.gz | 66.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ji0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ji0_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ji0_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ji0_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ji0_validation.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7ji0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7ji0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22341MC 6w1aC 6w1eC 6w1fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10535 (タイトル: Single particle cryoEM of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with SHP3 Data size: 3.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of Rgg3-SHP3 complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33242.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 株: ATCC BAA-250 / LMG 18311 / 遺伝子: stu1044 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4D0 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 798.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus CNRZ1066 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with SHP3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 器官: CNRZ1066 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: 2.5 microliters Rgg3St-SHP3 was applied to glow-discharged UltraAuFoil (1.2/1.3) 300-mesh grids (Quantifoil), blotted with filter paper for 3-3.5 s, and flash-frozen by plunging in liquid ...詳細: 2.5 microliters Rgg3St-SHP3 was applied to glow-discharged UltraAuFoil (1.2/1.3) 300-mesh grids (Quantifoil), blotted with filter paper for 3-3.5 s, and flash-frozen by plunging in liquid ethane cooled with liquid nitrogen. Grids were stored in liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 47.13 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1464 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 389743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44069 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6W1E Accession code: 6W1E / Source name: PDB / タイプ: experimental model |