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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fd2 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / mature / Infective | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Getah virus (ゲタウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, Z. / Liu, C. / Wang, A. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022 タイトル: Structure of infective Getah virus at 2.8 Å resolution determined by cryo-electron microscopy. 著者: Aojie Wang / Feng Zhou / Congcong Liu / Dongsheng Gao / Ruxi Qi / Yiheng Yin / Sheng Liu / Yuanzhu Gao / Lutang Fu / Yinhe Xia / Yawei Xu / Chuanqing Wang / Zheng Liu / 要旨: Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% ...Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% of healthy people, there are no reports of clinical symptoms associated with GETV. The biological and pathological properties of GETV are largely unknown and antiviral or vaccine treatments against GETV are still unavailable due to a lack of knowledge of the structure of the GETV virion. Here, we present the structure of infective GETV at a resolution of 2.8 Å with the atomic models of the capsid protein and the envelope glycoproteins E1 and E2. We have identified numerous glycosylation and S-acylation sites in E1 and E2. The surface-exposed glycans indicate a possible impact on viral immune evasion and host cell invasion. The S-acylation sites might be involved in stabilizing the transmembrane assembly of E1 and E2. In addition, a cholesterol and a phospholipid molecule are observed in a transmembrane hydrophobic pocket, together with two more cholesterols surrounding the pocket. The cholesterol and phospholipid stabilize the hydrophobic pocket in the viral envelope membrane. The structural information will assist structure-based antiviral and vaccine screening, design, and optimization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fd2.cif.gz | 714.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fd2.ent.gz | 598.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fd2_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fd2_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fd2_validation.xml.gz | 127.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fd2_validation.cif.gz | 186.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 8分子 AEIMBFJN
#1: タンパク質 | 分子量: 47560.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, togavirin #2: タンパク質 | 分子量: 46147.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, togavirin |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 CGKO
#3: タンパク質 | 分子量: 30200.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, togavirin |
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-糖 , 4種, 16分子
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 36分子
#8: 化合物 | ChemComp-PCW / #9: 化合物 | ChemComp-STE / #10: 化合物 | ChemComp-PLM / #11: 化合物 | ChemComp-CLR / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Getah virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Getah virus (ゲタウイルス) / 株: GETV-V1 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: NICKEL/TITANIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16894 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 171059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2041957 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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