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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7efc | ||||||
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タイトル | 1.70 A cryo-EM structure of streptavidin | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / STREPTAVIDIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
![]() | Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Kotecha, A. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.70 A cryo-EM structure of streptavidin using all frames (corresponding to 70 e/A^2 total dose) 著者: Hiraizumi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称)) | ||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Streptavidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4053 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153976 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 解像度: 1.7→76.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / WRfactor Rwork: 0.356 / SU B: 4.072 / SU ML: 0.104 / Average fsc overall: 0.6041 / Average fsc work: 0.6041 / ESU R: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.597 Å2
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拘束条件 |
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