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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dn5 | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of human papillomavirus type 58 pseudovirus | ||||||
要素 | Major capsid protein L1 | ||||||
キーワード | VIRUS / particles | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å | ||||||
データ登録者 | He, M.Z. / Chi, X. / Zha, Z.H. / Zheng, Q.B. / Li, S.W. / Xia, N.S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the shared neutralization mechanism of three classes of human papillomavirus type 58 antibodies with disparate modes of binding. 著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin ...著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin Wang / Hai Yu / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and ...Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and molecular-level neutralization sites of the HPV58 complete virion are not fully understood. Here, we report the high-resolution (∼3.5 Å) structure of the complete HPV58 pseudovirus (PsV58) using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Three representative neutralizing monoclonal antibodies (nAbs 5G9, 2H3 and A4B4) were selected through clustering from a nAb panel against HPV58. Bypassing the steric hindrance and symmetry-mismatch in the HPV Fab-capsid immune-complex, we present three different neutralizing epitopes in the PsV58, and show that, despite differences in binding, these nAbs share a common neutralization mechanism. These results offer insight into HPV58 genotype specificity and broaden our understanding of HPV58 neutralization sites for antiviral research. Cervical cancer primarily results from persistent infection with high-risk types of human papillomavirus (HPV). HPV type 58 (HPV58) is an important causative agent, especially within Asia. Despite this, we still have limited data pertaining to the structural and neutralizing epitopes of HPV58, and this encumbers our in-depth understanding of the virus mode of infection. Here, we show that representative nAbs (5G9, 10B11, 2H3, 5H2 and A4B4) from three different groups share a common neutralization mechanism that appears to prohibit the virus from associating with the extracellular matrix and cell surface. Furthermore, we identify that the nAbs engage via three different binding patterns: top-center binding (5G9 and 10B11), top-fringe binding (2H3 and 5H2), and fringe binding (A4B4). Our work shows that, despite differences in the pattern in binding, nAbs against HPV58 share a common neutralization mechanism. These results provide new insight into the understanding of HPV58 infection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dn5.cif.gz | 482.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dn5.ent.gz | 410.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dn5_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dn5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dn5_validation.xml.gz | 78.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dn5_validation.cif.gz | 118.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59103.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26535 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human papillomavirus type 58 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13458 / 対称性のタイプ: POINT |