PDB-7dlu: Mechanosensitive channel MscS K180R mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dlu

タイトル

Mechanosensitive channel MscS K180R mutant

要素

Mechanosensitive ion channel MscS

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wu, J. / Ke, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanosensitive channel MscS K180R mutant
著者: Wu, J. / Ke, M.

履歴

登録	2020年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30713 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dlu.cif.gz	296.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dlu.ent.gz	246.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dlu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	30713MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gua-d 6rld-d 5aji-d 7oo8-d 7onl-d 5brx-d 4zjt-d 5kis-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (10) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mechanosensitive ion channel MscS

B: Mechanosensitive ion channel MscS

C: Mechanosensitive ion channel MscS

D: Mechanosensitive ion channel MscS

E: Mechanosensitive ion channel MscS

F: Mechanosensitive ion channel MscS

G: Mechanosensitive ion channel MscS

209 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	Mechanosensitive ion channel MscS 分子量: 29870.738 Da / 分子数: 7 / 変異: K180R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: PA4394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW12

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Heptameric MscS K180R / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158968 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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