+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7caf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() carbohydrate transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, F. / Liang, J. / Zhang, B. / Gao, Y. / Yang, X. / Hu, T. / Rao, Z. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of trehalose recycling by the ABC transporter LpqY-SugABC. 著者: Fengjiang Liu / Jingxi Liang / Bing Zhang / Yan Gao / Xiuna Yang / Tianyu Hu / Haitao Yang / Wenqing Xu / Luke W Guddat / Zihe Rao / ![]() ![]() 要旨: In bacteria, adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importers are essential for the uptake of nutrients including the nonreducing disaccharide trehalose, a metabolite that is crucial ...In bacteria, adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importers are essential for the uptake of nutrients including the nonreducing disaccharide trehalose, a metabolite that is crucial for the survival and virulence of several human pathogens including SugABC is an ABC transporter that translocates trehalose from the periplasmic lipoprotein LpqY into the cytoplasm of mycobacteria. Here, we report four high-resolution cryo-electron microscopy structures of the mycobacterial LpqY-SugABC complex to reveal how it binds and passes trehalose through the membrane to the cytoplasm. A unique feature observed in this system is the initial mode of capture of the trehalose at the LpqY interface. Uptake is achieved by a pivotal rotation of LpqY relative to SugABC, moving from an open and accessible conformation to a clamped conformation upon trehalose binding. These findings enrich our understanding as to how ABC transporters facilitate substrate transport across the membrane in Gram-positive bacteria. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 303.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 243.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50183.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5061 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C3 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 43702.625 Da / 分子数: 2 / Mutation: E164Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5058 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C0 #3: タンパク質 | | 分子量: 32739.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: sugA, MSMEI_4933 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: I7G6S2, UniProt: A0R2C2*PLUS #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 29839.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5059 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C1 #5: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188042 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|