+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bok | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the encapsulated DyP-type peroxidase from Mycobacterium smegmatis | |||||||||||||||
要素 | Dyp-type peroxidase | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cargo protein / Dodecamer / Heme-containing enzyme | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tang, Y.T. / Mu, A. / Gong, H.R. / Wang, Q. / Rao, Z.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of DyP-loaded encapsulin. 著者: Yanting Tang / An Mu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Weiwei Wang / Yuezheng Lai / Xiaoting Zhou / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hongri Gong / Quan Wang / Zihe Rao / 要旨: Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact ...Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact and function. Here, we have isolated a native cargo-packaging encapsulin from and determined its complete high-resolution structure by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This encapsulin comprises an icosahedral shell and a dodecameric DyP cargo. The dodecameric DyP consists of two hexamers with a twofold axis of symmetry and stretches across the interior of the encapsulin. Our results reveal that the encapsulin shell plays a role in stabilizing the dodecameric DyP. Furthermore, we have proposed a potential mechanism for removing the hydrogen peroxide based on the structural features. Our study also suggests that the DyP is the primary cargo protein of mycobacterial encapsulins and is a potential target for antituberculosis drug discovery. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bok.cif.gz | 320.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bok.ent.gz | 264.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bok_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7bok_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bok_validation.xml.gz | 70.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bok_validation.cif.gz | 93 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bok | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
2 |
|
3 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37252.340 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: I7GEX3, peroxidase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13937 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4GU7 Accession code: 4GU7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |