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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bnq | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Lateral-closed conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) by cryoEM | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein assembly / beta-barrel / Gram negative bacteria / protein foldase | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Haysom, S.F. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ベルギー, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The role of membrane destabilisation and protein dynamics in BAM catalysed OMP folding. 著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / ...著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / Kelly M Storek / Steven T Rutherford / David J Brockwell / Neil A Ranson / Sheena E Radford / 要旨: The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit ...The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit BamA assists in OMP folding, and the contribution of membrane disruption to BAM catalysis remain unresolved. Here, we use an anti-BamA monoclonal antibody fragment (Fab1) and two disulphide-crosslinked BAM variants (lid-locked (LL), and POTRA-5-locked (P5L)) to dissect these roles. Despite being lethal in vivo, we show that all complexes catalyse folding in vitro, albeit less efficiently than wild-type BAM. CryoEM reveals that while Fab1 and BAM-P5L trap an open-barrel state, BAM-LL contains a mixture of closed and contorted, partially-open structures. Finally, all three complexes globally destabilise the lipid bilayer, while BamA does not, revealing that the BAM lipoproteins are required for this function. Together the results provide insights into the role of BAM structure and lipid dynamics in OMP folding. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bnq.cif.gz | 266.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bnq.ent.gz | 216.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bnq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bnq_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bnq_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bnq_validation.xml.gz | 54.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bnq_validation.cif.gz | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/7bnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/7bnq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90601.352 Da / 分子数: 1 / 変異: E435C S665C C690S C700S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A940 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41918.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P77774 |
#3: タンパク質 | 分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A903 |
#4: タンパク質 | 分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC02 |
#5: タンパク質 | 分子量: 13530.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A937 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.203 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 793444 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160118 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 103 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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